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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AFF2_chrX_148495617_149005663	148761465	TTG TTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02630.hp2 others(4): Show HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG03041.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0066 a0001c0001t0098 a0001c0001t0106 others(4): Show a0001c0001t0066 a0001c0001t0098 a0001c0001t0106 a0001c0002t0029 a0001c0002t0040 a0001c0002t0072 a0001c0002t0078	a0001c0001t0066g0015 a0001c0001t0098g0119 a0001c0001t0106g0121 others(4): Show a0001c0001t0066g0015 a0001c0001t0098g0119 a0001c0001t0106g0121 a0001c0002t0029g0149 a0001c0002t0040g0111 a0001c0002t0072g0018 a0001c0002t0078g0152	7	169	0.0414	-2	c.104 others(23): Show c.1042-48409_1042-48408delGT	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	3/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148762448	GAT GAT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00642.hp1 others(5): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00642.hp1 HG01069.hp1 HG01515.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0006 a0001c0001t0025 a0001c0001t0077 others(4): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0025 a0001c0001t0077 a0001c0001t0084 a0001c0001t0099 a0001c0001t0100 a0001c0002t0105	a0001c0001t0006g0144 a0001c0001t0006g0163 a0001c0001t0025g0081 others(5): Show a0001c0001t0006g0144 a0001c0001t0006g0163 a0001c0001t0025g0081 a0001c0001t0077g0095 a0001c0001t0084g0030 a0001c0001t0099g0141 a0001c0001t0100g0140 a0001c0002t0105g0117	8	169	0.0473	-2	c.104 others(23): Show c.1042-47417_1042-47416delAT	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	3/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148762480	ATG ATG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02809.hp2 HG03041.hp2 HG02809.hp2 HG03041.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0040 a0001c0002t0072 a0001c0002t0040 a0001c0002t0072	a0001c0002t0040g0111 a0001c0002t0072g0018 a0001c0002t0040g0111 a0001c0002t0072g0018	2	169	0.0118	-2	c.104 others(23): Show c.1042-47368_1042-47367delGT	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	3/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148772542	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 others(150): Show HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 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