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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AFF3_chr2_99540419_100147590	100137558	CAG CAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp2 others(14): Show HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp2 HG02486.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp1 NA18906.hp2 NA19043.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 others(3): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 a0002c0002 a0002c0007 a0002c0013	a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 others(12): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0007 a0001c0004t0014 a0001c0004t0020 a0001c0004t0029 a0001c0005t0005 a0002c0002t0013 a0002c0007t0001 a0002c0007t0008 a0002c0013t0019	a0001c0001t0006g0076 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0015g0002 others(14): Show a0001c0001t0006g0076 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0015g0002 a0001c0001t0016g0003 a0001c0004t0004g0097 a0001c0004t0005g0094 a0001c0004t0007g0093 a0001c0004t0007g0095 a0001c0004t0007g0096 a0001c0004t0014g0004 a0001c0004t0020g0011 a0001c0004t0029g0098 a0001c0005t0005g0092 a0002c0002t0013g0005 a0002c0007t0001g0060 a0002c0007t0008g0006 a0002c0013t0019g0014	17	100	0.1700	-2	c.-22 others(21): Show c.-228+4924_-228+4925delCT	AFF3	ENSG00000144218.21	transcript	ENST00000672756.2	protein_coding	1/24			chr2	TogoVar
AFF3_chr2_99540419_100147590	100145752	AAG AAG	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02055.hp2 HG02895.hp2 HG02965.hp1 others(4): Show HG02055.hp2 HG02895.hp2 HG02965.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp1 NA19043.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0004 a0002c0007 a0001c0004 a0002c0007	a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0007 others(2): Show a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0007 a0001c0004t0029 a0002c0007t0001	a0001c0004t0004g0097 a0001c0004t0005g0094 a0001c0004t0007g0093 others(4): Show a0001c0004t0004g0097 a0001c0004t0005g0094 a0001c0004t0007g0093 a0001c0004t0007g0095 a0001c0004t0007g0096 a0001c0004t0029g0098 a0002c0007t0001g0060	7	100	0.0700	-2	c.-34 others(13): Show c.-3498_-3497delCT	AFF3	ENSG00000144218.21	transcript	ENST00000672756.2	protein_coding		3163		chr2	TogoVar
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AFF4_chr5_132870395_132968634	132871850	GCT GCT	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp2 others(127): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00558.hp2 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02071.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02165.hp2 HG02273.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02897.hp1 HG03017.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03453.hp2 HG03491.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 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