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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AGO1_chr1_35878209_35935532	35904108	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01255.hp2 HG02145.hp1 HG02809.hp2 others(3): Show HG01255.hp2 HG02145.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG03453.hp1 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 others(2): Show a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0047	a0001c0001t0018g0138 a0001c0001t0018g0146 a0001c0001t0024g0127 others(3): Show a0001c0001t0018g0138 a0001c0001t0018g0146 a0001c0001t0024g0127 a0001c0001t0025g0133 a0001c0001t0026g0059 a0001c0001t0047g0145	6	278	0.0216	-2	c.139 others(21): Show c.1397+1791_1397+1792delTT	AGO1	ENSG00000092847.14	transcript	ENST00000373204.6	protein_coding	11/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO1_chr1_35878209_35935532	35912360	GAA GAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01255.hp2 HG02129.hp1 others(8): Show HG01069.hp1 HG01255.hp2 HG02129.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02896.hp1 HG02922.hp1 HG02976.hp2 HG03579.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0005 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 others(5): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 a0001c0002t0004 a0001c0002t0009 a0001c0002t0057 a0001c0002t0059 a0001c0004t0045	a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0018g0138 a0001c0001t0020g0180 others(6): Show a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0018g0138 a0001c0001t0020g0180 a0001c0001t0020g0181 a0001c0002t0004g0184 a0001c0002t0009g0004 a0001c0002t0057g0004 a0001c0002t0059g0004 a0001c0004t0045g0058	11	278	0.0396	-2	c.158 others(21): Show c.1583-1460_1583-1459delAA	AGO1	ENSG00000092847.14	transcript	ENST00000373204.6	protein_coding	12/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO1_chr1_35878209_35935532	35930517	GTT GTT	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 others(3): Show HG01069.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02896.hp1 HG03579.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0009 a0001c0002t0057 a0001c0002t0059 a0001c0002t0009 a0001c0002t0057 a0001c0002t0059	a0001c0002t0009g0004 a0001c0002t0009g0035 a0001c0002t0057g0004 others(1): Show a0001c0002t0009g0004 a0001c0002t0009g0035 a0001c0002t0057g0004 a0001c0002t0059g0004	6	278	0.0216	-2	c.10 others(15): Show c.10913_*10914delTT	AGO1	ENSG00000092847.14	transcript	ENST00000373204.6	protein_coding	19/19	10913	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO1_chr1_35878209_35935532	35933640	CAA CAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 others(60): Show HG00140.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp2 HG01071.hp1 HG01123.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG02004.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02647.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03130.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03471.hp2 HG03490.hp2 HG03834.hp2 NA18939.hp1 NA18944.hp1 NA18947.hp1 NA18955.hp1 NA18964.hp1 NA18968.hp1 NA18970.hp1 NA18972.hp2 NA18975.hp2 NA18977.hp2 NA18980.hp1 NA18981.hp1 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18991.hp2 NA19005.hp1 NA19057.hp2 NA19060.hp1 NA19063.hp1 NA19079.hp2 NA19085.hp1 NA19088.hp2 NA19240.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0008	a0001c0001t0020 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 others(13): Show a0001c0001t0020 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0008 a0001c0002t0009 a0001c0002t0016 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0002t0041 a0001c0002t0042 a0001c0002t0050 a0001c0002t0051 a0001c0002t0053 a0001c0002t0062 a0001c0007t0002 a0001c0008t0002	a0001c0001t0020g0180 a0001c0001t0020g0181 a0001c0002t0002g0002 others(50): Show a0001c0001t0020g0180 a0001c0001t0020g0181 a0001c0002t0002g0002 a0001c0002t0002g0012 a0001c0002t0002g0013 a0001c0002t0002g0014 a0001c0002t0002g0029 a0001c0002t0002g0030 a0001c0002t0002g0033 a0001c0002t0002g0137 a0001c0002t0002g0139 a0001c0002t0002g0143 a0001c0002t0002g0144 a0001c0002t0002g0147 a0001c0002t0002g0149 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0157 a0001c0002t0002g0159 a0001c0002t0002g0160 a0001c0002t0002g0161 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0164 a0001c0002t0002g0165 a0001c0002t0002g0167 a0001c0002t0002g0168 a0001c0002t0002g0169 a0001c0002t0002g0170 a0001c0002t0002g0171 a0001c0002t0002g0174 a0001c0002t0002g0177 a0001c0002t0002g0189 a0001c0002t0002g0195 a0001c0002t0004g0043 a0001c0002t0004g0183 a0001c0002t0004g0185 a0001c0002t0004g0190 a0001c0002t0008g0013 a0001c0002t0008g0142 a0001c0002t0008g0148 a0001c0002t0008g0153 a0001c0002t0009g0004 a0001c0002t0009g0035 a0001c0002t0016g0188 a0001c0002t0021g0006 a0001c0002t0022g0192 a0001c0002t0041g0151 a0001c0002t0042g0012 a0001c0002t0050g0034 a0001c0002t0051g0150 a0001c0002t0053g0175 a0001c0002t0062g0179 a0001c0007t0002g0163 a0001c0008t0002g0178	63	278	0.2266	-2	c.14 others(15): Show c.14034_*14035delAA	AGO1	ENSG00000092847.14	transcript	ENST00000373204.6	protein_coding		3109		chr1	TogoVar
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