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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGPAT2_chr9_136668143_136692457	136675832	CCT CCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG02145.hp2 HG03225.hp1 HG01109.hp2 HG02145.hp2 HG03225.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0005 a0001c0001 a0004c0005	a0001c0001t0003 a0004c0005t0015 a0001c0001t0003 a0004c0005t0015	a0001c0001t0003g0225 a0004c0005t0015g0226 a0004c0005t0015g0227 a0001c0001t0003g0225 a0004c0005t0015g0226 a0004c0005t0015g0227	3	374	0.0080	-2	c.588 others(17): Show c.588+751_588+752delAG	AGPAT2	ENSG00000169692.14	transcript	ENST00000371696.7	protein_coding	4/5			chr9	TogoVar
AGPAT2_chr9_136668143_136692457	136684594	CAG CAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02717.hp2 HG03098.hp2 others(2): Show HG02258.hp2 HG02717.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0018 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0018	a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0003g0068 others(1): Show a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0003g0068 a0001c0001t0018g0213	5	374	0.0134	-2	c.182 others(19): Show c.182+2580_182+2581delCT	AGPAT2	ENSG00000169692.14	transcript	ENST00000371696.7	protein_coding	1/5			chr9	TogoVar
AGPAT3_chr21_43860223_43992592	43879347	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 others(65): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00597.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02056.hp2 HG02129.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG03209.hp2 HG03239.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03540.hp1 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 NA18747.hp2 NA18945.hp1 NA18968.hp2 NA18973.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19065.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19087.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0013 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 a0001c0001t0047 a0001c0001t0059 a0001c0001t0066 a0001c0001t0069 a0001c0001t0072 a0001c0001t0075 a0001c0001t0076	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0028 others(65): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0300 a0001c0001t0001g0334 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0041 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0332 a0001c0001t0002g0335 a0001c0001t0002g0336 a0001c0001t0002g0337 a0001c0001t0002g0338 a0001c0001t0002g0339 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0004 a0001c0001t0004g0010 a0001c0001t0004g0011 a0001c0001t0004g0012 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0038 a0001c0001t0004g0044 a0001c0001t0004g0047 a0001c0001t0004g0188 a0001c0001t0004g0190 a0001c0001t0004g0278 a0001c0001t0004g0311 a0001c0001t0004g0312 a0001c0001t0004g0340 a0001c0001t0005g0086 a0001c0001t0005g0322 a0001c0001t0006g0045 a0001c0001t0006g0061 a0001c0001t0008g0039 a0001c0001t0008g0042 a0001c0001t0008g0043 a0001c0001t0009g0030 a0001c0001t0011g0204 a0001c0001t0013g0006 a0001c0001t0021g0062 a0001c0001t0022g0032 a0001c0001t0022g0051 a0001c0001t0025g0087 a0001c0001t0026g0059 a0001c0001t0026g0191 a0001c0001t0035g0303 a0001c0001t0047g0025 a0001c0001t0059g0033 a0001c0001t0066g0027 a0001c0001t0069g0301 a0001c0001t0072g0209 a0001c0001t0075g0008 a0001c0001t0076g0279	68	342	0.1988	-2	c.-11 others(23): Show c.-112+14027_-112+14028delAA	AGPAT3	ENSG00000160216.21	transcript	ENST00000291572.13	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
AGPAT3_chr21_43860223_43992592	43888398	GAT GAT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 others(288): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 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