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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AHCTF1_chr1_246834098_246936948	246898621	AAC AAC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01071.hp1 HG01256.hp1 others(13): Show HG00642.hp1 HG01071.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG03195.hp2 HG03540.hp1 HG03927.hp2 NA18522.hp1 NA18942.hp2 NA18988.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0003 others(4): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 a0007 a0018	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 others(4): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0004c0005 a0006c0039 a0007c0009 a0018c0030	a0001c0001t0001 a0001c0001t0014 a0002c0002t0001 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0014 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 a0004c0005t0005 a0004c0005t0006 a0006c0039t0007 a0007c0009t0001 a0018c0030t0005	a0001c0001t0001g0354 a0001c0001t0014g0003 a0002c0002t0001g0069 others(13): Show a0001c0001t0001g0354 a0001c0001t0014g0003 a0002c0002t0001g0069 a0003c0003t0001g0204 a0003c0003t0001g0225 a0003c0003t0001g0231 a0003c0003t0001g0232 a0004c0005t0005g0004 a0004c0005t0005g0005 a0004c0005t0005g0006 a0004c0005t0005g0007 a0004c0005t0005g0008 a0004c0005t0006g0044 a0006c0039t0007g0024 a0007c0009t0001g0105 a0018c0030t0005g0009	16	376	0.0426	-2	c.149 others(19): Show c.1495-287_1495-286delGT	AHCTF1	ENSG00000153207.16	transcript	ENST00000648844.2	protein_coding	11/35			chr1	TogoVar
AHCTF1_chr1_246834098_246936948	246899893	CAT CAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00438.hp1 HG00558.hp2 others(120): Show HG00323.hp1 HG00438.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01975.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02080.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02683.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03688.hp2 HG03834.hp2 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