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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AJAP1_chr1_4649609_4797534	4740785	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG01167.hp2 HG01256.hp1 others(10): Show HG00544.hp2 HG01167.hp2 HG01256.hp1 HG01943.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02080.hp1 HG02132.hp2 HG02809.hp1 NA18943.hp2 NA18999.hp2 NA19004.hp2 NA19011.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0008 a0002c0003 a0002c0004	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0037 others(9): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0037 a0001c0001t0178 a0001c0001t0200 a0001c0002t0161 a0001c0005t0002 a0001c0005t0007 a0001c0005t0101 a0001c0008t0003 a0002c0003t0029 a0002c0004t0007	a0001c0001t0003g0304 a0001c0001t0008g0299 a0001c0001t0037g0004 others(9): Show a0001c0001t0003g0304 a0001c0001t0008g0299 a0001c0001t0037g0004 a0001c0001t0178g0037 a0001c0001t0200g0321 a0001c0002t0161g0326 a0001c0005t0002g0228 a0001c0005t0007g0245 a0001c0005t0101g0288 a0001c0008t0003g0281 a0002c0003t0029g0189 a0002c0004t0007g0138	13	334	0.0389	-2	c.829 others(21): Show c.829+28105_829+28106delAA	AJAP1	ENSG00000196581.11	transcript	ENST00000378191.5	protein_coding	2/5		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AJAP1_chr1_4649609_4797534	4742094	TAA TAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00639.hp1 others(54): Show HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00639.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02559.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03516.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp2 NA18957.hp1 NA19030.hp1 NA19056.hp2 NA19085.hp1 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0002 a0009 a0001 a0002 a0009	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0002c0004 a0002c0011 a0002c0019 a0009c0020	a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0026 others(44): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0026 a0001c0001t0032 a0001c0001t0047 a0001c0001t0066 a0001c0001t0110 a0001c0001t0150 a0001c0001t0158 a0001c0001t0184 a0001c0001t0186 a0001c0002t0010 a0001c0002t0019 a0001c0002t0030 a0001c0002t0068 a0001c0002t0108 a0001c0002t0111 a0001c0002t0144 a0001c0002t0147 a0001c0002t0159 a0001c0002t0193 a0002c0003t0019 a0002c0003t0020 a0002c0003t0025 a0002c0003t0026 a0002c0003t0053 a0002c0003t0062 a0002c0003t0063 a0002c0003t0065 a0002c0003t0069 a0002c0003t0082 a0002c0003t0116 a0002c0003t0140 a0002c0003t0142 a0002c0003t0145 a0002c0003t0152 a0002c0003t0180 a0002c0003t0183 a0002c0004t0006 a0002c0004t0010 a0002c0004t0051 a0002c0004t0059 a0002c0004t0146 a0002c0004t0157 a0002c0011t0070 a0002c0019t0022 a0009c0020t0067	a0001c0001t0005g0196 a0001c0001t0005g0202 a0001c0001t0005g0203 others(53): Show a0001c0001t0005g0196 a0001c0001t0005g0202 a0001c0001t0005g0203 a0001c0001t0005g0206 a0001c0001t0010g0149 a0001c0001t0026g0167 a0001c0001t0032g0199 a0001c0001t0047g0258 a0001c0001t0047g0273 a0001c0001t0066g0234 a0001c0001t0110g0317 a0001c0001t0150g0057 a0001c0001t0158g0140 a0001c0001t0184g0279 a0001c0001t0186g0256 a0001c0002t0010g0309 a0001c0002t0019g0098 a0001c0002t0030g0086 a0001c0002t0030g0165 a0001c0002t0068g0157 a0001c0002t0108g0230 a0001c0002t0111g0207 a0001c0002t0144g0023 a0001c0002t0147g0020 a0001c0002t0159g0027 a0001c0002t0193g0259 a0002c0003t0019g0077 a0002c0003t0020g0070 a0002c0003t0020g0071 a0002c0003t0020g0074 a0002c0003t0025g0160 a0002c0003t0025g0224 a0002c0003t0026g0170 a0002c0003t0053g0010 a0002c0003t0062g0323 a0002c0003t0063g0212 a0002c0003t0065g0229 a0002c0003t0069g0177 a0002c0003t0082g0146 a0002c0003t0116g0075 a0002c0003t0140g0031 a0002c0003t0142g0062 a0002c0003t0145g0034 a0002c0003t0152g0047 a0002c0003t0180g0182 a0002c0003t0183g0275 a0002c0004t0006g0003 a0002c0004t0010g0151 a0002c0004t0010g0208 a0002c0004t0051g0082 a0002c0004t0059g0216 a0002c0004t0146g0042 a0002c0004t0157g0069 a0002c0011t0070g0308 a0002c0019t0022g0046 a0009c0020t0067g0162	57	334	0.1707	-2	c.830 others(21): Show c.830-27757_830-27756delAA	AJAP1	ENSG00000196581.11	transcript	ENST00000378191.5	protein_coding	2/5		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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