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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AKT3_chr1_243494724_243855243	243699465	CTA CTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00733.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 others(8): Show HG00733.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01361.hp2 HG02451.hp2 HG02738.hp2 HG02922.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 NA18977.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0016 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0016 a0001c0001t0041	a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0085 others(8): Show a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0016g0092 a0001c0001t0041g0073	11	301	0.0365	-2	c.47- others(17): Show c.47-3751_47-3750delTA	AKT3	ENSG00000117020.19	transcript	ENST00000673466.1	protein_coding	2/13			chr1	TogoVar
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