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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ALDH1L2_chr12_105014790_105089458	105035825	CTA CTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00733.hp1 others(29): Show HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00733.hp1 HG01346.hp2 HG01891.hp2 HG01952.hp2 HG02148.hp1 HG02258.hp1 HG02293.hp1 HG02895.hp2 HG02965.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp1 NA18940.hp2 NA18944.hp2 NA18949.hp1 NA18969.hp2 NA18984.hp2 NA18994.hp1 NA18998.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19006.hp2 NA19057.hp1 NA19065.hp2 NA19084.hp1 NA19087.hp2 NA19088.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0004 a0001c0001t0015 a0001c0001t0032 others(1): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0015 a0001c0001t0032 a0001c0002t0002	a0001c0001t0004g0026 a0001c0001t0004g0027 a0001c0001t0004g0028 others(29): Show a0001c0001t0004g0026 a0001c0001t0004g0027 a0001c0001t0004g0028 a0001c0001t0004g0030 a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0035 a0001c0001t0004g0037 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0004g0081 a0001c0001t0004g0109 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0004g0157 a0001c0001t0004g0177 a0001c0001t0004g0221 a0001c0001t0004g0222 a0001c0001t0004g0233 a0001c0001t0004g0242 a0001c0001t0004g0251 a0001c0001t0004g0254 a0001c0001t0004g0256 a0001c0001t0004g0261 a0001c0001t0004g0282 a0001c0001t0004g0319 a0001c0001t0004g0328 a0001c0001t0004g0379 a0001c0001t0004g0383 a0001c0001t0015g0368 a0001c0001t0032g0029 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0176 a0001c0002t0002g0255	32	386	0.0829	-2	c.214 others(21): Show c.2146-1429_2146-1428delTA	ALDH1L2	ENSG00000136010.14	transcript	ENST00000258494.14	protein_coding	18/22			chr12	TogoVar
ALDH1L2_chr12_105014790_105089458	105035868	TAC TAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00558.hp2 others(97): Show HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01109.hp1 HG01167.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02165.hp2 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02896.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp2 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18906.hp1 NA18941.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18953.hp2 NA18957.hp2 NA18969.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18974.hp2 NA18975.hp1 NA18980.hp1 NA18981.hp2 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18991.hp2 NA18992.hp1 NA18993.hp2 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19003.hp2 NA19007.hp1 NA19010.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19058.hp2 NA19063.hp1 NA19074.hp2 NA19077.hp2 NA19079.hp2 NA19082.hp1 NA19083.hp2 NA19084.hp2 NA19090.hp1 NA19090.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0003 a0005 others(1): Show a0001 a0003 a0005 a0010	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0006 others(3): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0006 a0003c0005 a0005c0012 a0010c0018	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 others(14): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0024 a0001c0001t0027 a0001c0001t0030 a0001c0003t0006 a0001c0006t0003 a0003c0005t0003 a0003c0005t0022 a0005c0012t0006 a0005c0012t0014 a0010c0018t0028	a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0025 others(97): Show a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0025 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0036 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0043 a0001c0001t0003g0090 a0001c0001t0003g0093 a0001c0001t0003g0097 a0001c0001t0003g0101 a0001c0001t0003g0104 a0001c0001t0003g0105 a0001c0001t0003g0106 a0001c0001t0003g0110 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0114 a0001c0001t0003g0115 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0119 a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0128 a0001c0001t0003g0132 a0001c0001t0003g0133 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0003g0139 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0003g0203 a0001c0001t0003g0234 a0001c0001t0003g0268 a0001c0001t0003g0275 a0001c0001t0003g0301 a0001c0001t0003g0306 a0001c0001t0003g0310 a0001c0001t0003g0316 a0001c0001t0003g0347 a0001c0001t0003g0381 a0001c0001t0006g0031 a0001c0001t0006g0150 a0001c0001t0006g0160 a0001c0001t0006g0169 a0001c0001t0006g0175 a0001c0001t0006g0217 a0001c0001t0006g0302 a0001c0001t0006g0334 a0001c0001t0006g0335 a0001c0001t0006g0342 a0001c0001t0006g0343 a0001c0001t0006g0344 a0001c0001t0006g0345 a0001c0001t0006g0353 a0001c0001t0006g0354 a0001c0001t0006g0367 a0001c0001t0006g0372 a0001c0001t0006g0375 a0001c0001t0008g0008 a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0051 a0001c0001t0008g0052 a0001c0001t0008g0059 a0001c0001t0008g0062 a0001c0001t0008g0063 a0001c0001t0008g0064 a0001c0001t0008g0227 a0001c0001t0008g0341 a0001c0001t0013g0022 a0001c0001t0013g0023 a0001c0001t0013g0214 a0001c0001t0013g0369 a0001c0001t0014g0082 a0001c0001t0014g0143 a0001c0001t0014g0269 a0001c0001t0015g0009 a0001c0001t0015g0291 a0001c0001t0017g0018 a0001c0001t0017g0076 a0001c0001t0024g0371 a0001c0001t0027g0215 a0001c0001t0030g0103 a0001c0003t0006g0376 a0001c0003t0006g0377 a0001c0003t0006g0378 a0001c0003t0006g0380 a0001c0003t0006g0382 a0001c0003t0006g0384 a0001c0006t0003g0099 a0001c0006t0003g0146 a0003c0005t0003g0096 a0003c0005t0003g0136 a0003c0005t0003g0307 a0003c0005t0022g0308 a0005c0012t0006g0171 a0005c0012t0014g0170 a0010c0018t0028g0075	100	386	0.2591	-2	c.214 others(21): Show c.2146-1472_2146-1471delGT	ALDH1L2	ENSG00000136010.14	transcript	ENST00000258494.14	protein_coding	18/22			chr12	TogoVar
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