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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ALG13_chrX_111676170_111765649	111723595	CTG CTG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03139.hp1 HG03139.hp1	a0002 a0002	a0002c0009 a0002c0009	a0002c0009t0001 a0002c0009t0001	a0002c0009t0001g0047 a0002c0009t0001g0047	1	191	0.0052	-2	c.150 others(19): Show c.1501-199_1501-198delGT	ALG13	ENSG00000101901.13	transcript	ENST00000394780.8	protein_coding	13/26		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ALG13_chrX_111676170_111765649	111749959	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18974.hp1 NA19005.hp1 NA19058.hp1 NA18974.hp1 NA19005.hp1 NA19058.hp1	a0001 a0011 a0001 a0011	a0001c0001 a0011c0020 a0001c0001 a0011c0020	a0001c0001t0001 a0011c0020t0001 a0001c0001t0001 a0011c0020t0001	a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0136 a0011c0020t0001g0006 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0136 a0011c0020t0001g0006	3	191	0.0157	-2	c.293 others(21): Show c.2933-2829_2933-2828delTT	ALG13	ENSG00000101901.13	transcript	ENST00000394780.8	protein_coding	24/26		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ALG13_chrX_111676170_111765649	111751066	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03041.hp1 HG03041.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0045	1	191	0.0052	-2	c.293 others(21): Show c.2933-1704_2933-1703delTT	ALG13	ENSG00000101901.13	transcript	ENST00000394780.8	protein_coding	24/26		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94972408	CAT CAT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG02258.hp2 HG02622.hp2 others(3): Show HG01109.hp2 HG02258.hp2 HG02622.hp2 HG02895.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0101 others(1): Show a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0101 a0001c0001t0142	a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0037g0018 a0001c0001t0038g0007 others(3): Show a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0037g0018 a0001c0001t0038g0007 a0001c0001t0038g0011 a0001c0001t0101g0008 a0001c0001t0142g0010	6	388	0.0155	-2	c.10 others(15): Show c.10666_*10667delAT	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding		1996		chr1	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94973337	GTT GTT	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG02109.hp2 HG02258.hp2 others(4): Show HG01109.hp2 HG02109.hp2 HG02258.hp2 HG02622.hp2 HG02895.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0030 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 others(2): Show a0001c0001t0030 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0101 a0001c0001t0142	a0001c0001t0030g0273 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0037g0018 others(4): Show a0001c0001t0030g0273 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0037g0018 a0001c0001t0038g0007 a0001c0001t0038g0011 a0001c0001t0101g0008 a0001c0001t0142g0010	7	388	0.0180	-2	c.97 others(13): Show c.9737_*9738delAA	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding		1067		chr1	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94976016	CAA CAA	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG00673.hp1 HG01123.hp1 others(18): Show HG00597.hp2 HG00673.hp1 HG01123.hp1 HG01169.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG02071.hp2 HG02155.hp1 HG03490.hp1 HG03669.hp2 HG03927.hp2 NA19002.hp1 NA19056.hp2 NA19057.hp1 NA19075.hp2 NA19077.hp2 NA19080.hp2 NA19083.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0055 a0001c0001t0056 others(6): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0055 a0001c0001t0056 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0001c0001t0072 a0001c0001t0077 a0001c0001t0104 a0001c0001t0165	a0001c0001t0004g0004 a0001c0001t0004g0111 a0001c0001t0004g0153 others(18): Show a0001c0001t0004g0004 a0001c0001t0004g0111 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0154 a0001c0001t0004g0155 a0001c0001t0004g0160 a0001c0001t0004g0162 a0001c0001t0004g0163 a0001c0001t0004g0164 a0001c0001t0004g0165 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0256 a0001c0001t0055g0156 a0001c0001t0056g0157 a0001c0001t0065g0110 a0001c0001t0066g0167 a0001c0001t0072g0161 a0001c0001t0077g0169 a0001c0001t0104g0112 a0001c0001t0165g0158	21	388	0.0541	-2	c.70 others(13): Show c.7058_*7059delTT	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding	4/4	7058		chr1	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94981467	TTA TTA	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02809.hp1 HG02922.hp2 HG03239.hp1 others(9): Show HG02809.hp1 HG02922.hp2 HG03239.hp1 HG03834.hp2 NA18955.hp1 NA18957.hp1 NA18960.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18987.hp1 NA19077.hp1 NA19089.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0067 a0001c0001t0083 a0001c0001t0085 others(9): Show a0001c0001t0067 a0001c0001t0083 a0001c0001t0085 a0001c0001t0086 a0001c0001t0102 a0001c0001t0106 a0001c0001t0111 a0001c0001t0112 a0001c0001t0113 a0001c0001t0114 a0001c0001t0122 a0001c0001t0168	a0001c0001t0067g0050 a0001c0001t0083g0122 a0001c0001t0085g0151 others(9): Show a0001c0001t0067g0050 a0001c0001t0083g0122 a0001c0001t0085g0151 a0001c0001t0086g0131 a0001c0001t0102g0041 a0001c0001t0106g0215 a0001c0001t0111g0087 a0001c0001t0112g0051 a0001c0001t0113g0063 a0001c0001t0114g0016 a0001c0001t0122g0206 a0001c0001t0168g0064	12	388	0.0309	-2	c.16 others(13): Show c.1607_*1608delTA	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding	4/4	1607		chr1	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94982699	CAA CAA	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG02145.hp1 HG02559.hp2 others(6): Show HG00735.hp1 HG02145.hp1 HG02559.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0023 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 others(4): Show a0001c0001t0023 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0054	a0001c0001t0023g0029 a0001c0001t0023g0030 a0001c0001t0023g0263 others(6): Show a0001c0001t0023g0029 a0001c0001t0023g0030 a0001c0001t0023g0263 a0001c0001t0049g0019 a0001c0001t0050g0262 a0001c0001t0051g0020 a0001c0001t0052g0067 a0001c0001t0053g0023 a0001c0001t0054g0021	9	388	0.0232	-2	c.37 others(11): Show c.375_*376delTT	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding	4/4	375		chr1	TogoVar
ALG14_chr1_94969405_95077951	94988844	TAC TAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02896.hp2 NA18522.hp2 HG01891.hp2 HG02896.hp2 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0082 a0001c0001t0196 a0001c0001t0197 a0001c0001t0082 a0001c0001t0196 a0001c0001t0197	a0001c0001t0082g0049 a0001c0001t0196g0114 a0001c0001t0197g0116 a0001c0001t0082g0049 a0001c0001t0196g0114 a0001c0001t0197g0116	3	388	0.0077	-2	c.421 others(19): Show c.421-5540_421-5539delGT	ALG14	ENSG00000172339.10	transcript	ENST00000370205.6	protein_coding	3/3			chr1	TogoVar
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