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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ANXA11_chr10_80145889_80210537	80166036	ACG ACG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(53): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG01081.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01257.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp2 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02622.hp2 HG03540.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp1 HG03834.hp1 HG04204.hp2 NA18945.hp2 NA18950.hp1 NA18954.hp1 NA18963.hp1 NA18968.hp1 NA18971.hp2 NA18981.hp1 NA18984.hp2 NA18988.hp2 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19011.hp1 NA19065.hp2 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0008 a0009 others(2): Show a0001 a0008 a0009 a0010 a0011	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0008 others(5): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0018 a0008c0012 a0009c0013 a0010c0011 a0011c0014	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(11): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0005t0004 a0001c0008t0011 a0001c0018t0004 a0008c0012t0011 a0009c0013t0007 a0010c0011t0004 a0011c0014t0004	a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0219 others(48): Show a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0004g0027 a0001c0001t0004g0030 a0001c0001t0004g0031 a0001c0001t0004g0085 a0001c0001t0004g0113 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0154 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0291 a0001c0001t0004g0292 a0001c0001t0004g0293 a0001c0001t0004g0294 a0001c0001t0004g0295 a0001c0001t0004g0296 a0001c0001t0004g0297 a0001c0001t0004g0298 a0001c0001t0004g0300 a0001c0001t0004g0303 a0001c0001t0004g0304 a0001c0001t0004g0306 a0001c0001t0004g0311 a0001c0001t0004g0313 a0001c0001t0006g0301 a0001c0001t0006g0316 a0001c0001t0007g0006 a0001c0001t0007g0034 a0001c0001t0007g0035 a0001c0001t0007g0040 a0001c0001t0007g0041 a0001c0001t0007g0043 a0001c0001t0007g0045 a0001c0001t0007g0046 a0001c0001t0007g0047 a0001c0001t0008g0259 a0001c0001t0011g0305 a0001c0001t0011g0307 a0001c0001t0011g0310 a0001c0001t0011g0318 a0001c0001t0015g0036 a0001c0001t0015g0038 a0001c0001t0015g0039 a0001c0005t0004g0026 a0001c0008t0011g0312 a0001c0018t0004g0289 a0008c0012t0011g0314 a0009c0013t0007g0042 a0010c0011t0004g0287 a0011c0014t0004g0299	56	386	0.1451	-2	c.858 others(15): Show c.858+46_858+47delCG	ANXA11	ENSG00000122359.18	transcript	ENST00000422982.8	protein_coding	8/15			chr10	TogoVar
ANXA11_chr10_80145889_80210537	80175215	CAG CAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG02145.hp1 HG02559.hp1 others(8): Show HG00642.hp1 HG02145.hp1 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG02818.hp2 HG02970.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp1 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	a0001c0001t0009g0087 a0001c0001t0009g0187 a0001c0001t0009g0188 others(8): Show a0001c0001t0009g0087 a0001c0001t0009g0187 a0001c0001t0009g0188 a0001c0001t0009g0231 a0001c0001t0009g0268 a0001c0001t0009g0269 a0001c0001t0009g0270 a0001c0001t0009g0271 a0001c0001t0009g0280 a0001c0001t0009g0286 a0001c0001t0009g0327	11	386	0.0285	-2	c.-9+ others(15): Show c.-9+890_-9+891delCT	ANXA11	ENSG00000122359.18	transcript	ENST00000422982.8	protein_coding	2/15			chr10	TogoVar
ANXA11_chr10_80145889_80210537	80187545	GCA GCA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02922.hp2 HG03942.hp1 others(3): Show HG02258.hp1 HG02922.hp2 HG03942.hp1 HG04204.hp1 NA18612.hp1 NA19056.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 others(1): Show a0001c0001t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0010	a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0214 a0002c0002t0001g0104 others(3): Show a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0214 a0002c0002t0001g0104 a0002c0002t0001g0156 a0002c0002t0003g0049 a0002c0002t0010g0099	6	386	0.0155	-2	c.-57 others(21): Show c.-57-11392_-57-11391delTG	ANXA11	ENSG00000122359.18	transcript	ENST00000422982.8	protein_coding	1/15			chr10	TogoVar
ANXA11_chr10_80145889_80210537	80188480	CAT CAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG01884.hp2 HG02486.hp1 others(4): Show HG01074.hp1 HG01884.hp2 HG02486.hp1 HG02630.hp1 HG03195.hp2 HG03486.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013	a0001c0001t0006g0108 a0001c0001t0006g0109 a0001c0001t0006g0110 others(4): Show a0001c0001t0006g0108 a0001c0001t0006g0109 a0001c0001t0006g0110 a0001c0001t0006g0255 a0001c0001t0006g0256 a0001c0001t0006g0279 a0001c0001t0013g0257	7	386	0.0181	-2	c.-57 others(21): Show c.-57-12327_-57-12326delAT	ANXA11	ENSG00000122359.18	transcript	ENST00000422982.8	protein_coding	1/15			chr10	TogoVar
ANXA11_chr10_80145889_80210537	80203044	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 others(10): Show HG00140.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG02451.hp2 HG02738.hp1 HG02897.hp1 HG03491.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 NA18957.hp2 NA18986.hp2 NA18992.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 a0001c0001t0039 a0001c0001t0041 a0001c0003t0005	a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 others(10): Show a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0174 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0013g0181 a0001c0001t0039g0178 a0001c0001t0041g0182 a0001c0003t0005g0171 a0001c0003t0005g0175	13	386	0.0337	-2	c.-58 others(19): Show c.-58+2297_-58+2298delTT	ANXA11	ENSG00000122359.18	transcript	ENST00000422982.8	protein_coding	1/15			chr10	TogoVar
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