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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ANXA4_chr2_69737134_69832112	69761776	TAA TAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 others(6): Show HG00735.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG02965.hp2 HG03704.hp1 NA18950.hp1 NA19030.hp1 NA19065.hp1	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0018 a0002c0002t0002 a0003c0003t0004	a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0324 others(6): Show a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0324 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0136 a0001c0001t0005g0333 a0001c0001t0018g0019 a0002c0002t0002g0021 a0003c0003t0004g0014	9	346	0.0260	-2	c.-47 others(21): Show c.-47+19619_-47+19620delAA	ANXA4	ENSG00000196975.16	transcript	ENST00000394295.6	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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