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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AP1AR_chr4_112226787_112278110	112258244	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01975.hp2 HG02486.hp2 HG02895.hp2 others(2): Show HG01975.hp2 HG02486.hp2 HG02895.hp2 HG03486.hp2 HG03579.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0030 a0001c0002t0001 a0001c0002t0030	a0001c0002t0001g0024 a0001c0002t0001g0138 a0001c0002t0030g0137 a0001c0002t0001g0024 a0001c0002t0001g0138 a0001c0002t0030g0137	5	398	0.0126	-2	c.185 others(17): Show c.185+449_185+450delTT	AP1AR	ENSG00000138660.12	transcript	ENST00000274000.10	protein_coding	4/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
AP1AR_chr4_112226787_112278110	112271695	GAA GAA	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01099.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01099.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	a0001c0001t0010g0017 a0001c0001t0010g0017	3	398	0.0075	-2	c.32 others(13): Show c.3288_*3289delAA	AP1AR	ENSG00000138660.12	transcript	ENST00000274000.10	protein_coding	10/10	3288	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
AP1B1_chr22_29322680_29393570	29322914	TGA TGA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02976.hp2 HG03491.hp1 NA19043.hp1 HG02976.hp2 HG03491.hp1 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0004 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0002t0001 a0001c0004t0002 a0001c0002t0001 a0001c0004t0002	a0001c0002t0001g0257 a0001c0002t0001g0357 a0001c0004t0002g0343 a0001c0002t0001g0257 a0001c0002t0001g0357 a0001c0004t0002g0343	3	378	0.0079	-2	c.59 others(13): Show c.5905_*5906delTC	AP1B1	ENSG00000100280.17	transcript	ENST00000357586.7	protein_coding		4765		chr22	TogoVar
AP1B1_chr22_29322680_29393570	29324748	CAA CAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 others(54): Show HG00280.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG01099.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01257.hp1 HG01891.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02735.hp2 HG02818.hp1 HG02922.hp1 HG03041.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03579.hp2 HG03927.hp2 NA18747.hp1 NA18939.hp2 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp1 NA18960.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18975.hp1 NA18985.hp1 NA18998.hp2 NA19000.hp2 NA19006.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19054.hp1 NA19062.hp2 NA19068.hp1 NA19070.hp2 NA19079.hp2 NA19082.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp1 NA19091.hp1 NA20752.hp1 NA20905.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0007c0013 a0001c0001 a0007c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0015 a0007c0013t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0022 others(52): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0356 a0001c0001t0008g0216 a0001c0001t0010g0013 a0001c0001t0015g0358 a0007c0013t0001g0128	57	378	0.1508	-2	c.40 others(13): Show c.4071_*4072delTT	AP1B1	ENSG00000100280.17	transcript	ENST00000357586.7	protein_coding		2931		chr22	TogoVar
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