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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15824547	AGT AGT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA19010.hp1 NA19010.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0196 a0001c0001t0008g0196	1	318	0.0031	-2	c.27 others(13): Show c.2776_*2777delAC	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding		1258		chrX	TogoVar
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15826775	TAA TAA	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02622.hp1 HG02970.hp2 others(3): Show HG01891.hp1 HG02622.hp1 HG02970.hp2 HG03486.hp1 NA18981.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 a0001c0001t0006 a0001c0001t0011	a0001c0001t0006g0109 a0001c0001t0006g0110 a0001c0001t0006g0111 others(3): Show a0001c0001t0006g0109 a0001c0001t0006g0110 a0001c0001t0006g0111 a0001c0001t0006g0112 a0001c0001t0006g0113 a0001c0001t0011g0088	6	318	0.0189	-2	c.54 others(11): Show c.548_*549delTT	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding	6/6	548		chrX	TogoVar
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15843024	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG01517.hp1 HG02004.hp2 others(12): Show HG00639.hp2 HG01517.hp1 HG02004.hp2 HG02145.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02976.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03654.hp1 HG03710.hp1 NA18987.hp2 NA18997.hp1 NA19084.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 others(10): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0003g0049 a0001c0001t0004g0187	15	318	0.0472	-2	c.426 others(19): Show c.426+2353_426+2354delTT	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding	4/5			chrX	TogoVar
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15850518	ATT ATT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19076.hp1 NA19081.hp1 NA19076.hp1 NA19081.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0003g0067 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0003g0067	2	318	0.0063	-2	c.179 others(19): Show c.179+1826_179+1827delAA	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding	2/5			chrX	TogoVar
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15856256	CTA CTA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02647.hp1 HG02886.hp1 others(2): Show HG02258.hp1 HG02647.hp1 HG02886.hp1 HG02922.hp1 HG03041.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0120 others(1): Show a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0121	5	318	0.0157	-2	c.-15 others(13): Show c.-1571_-1570delTA	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding		1444		chrX	TogoVar
AP1S3_chr2_223750326_223842582	223752783	TTC TTC	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG02145.hp1 HG02280.hp1 others(13): Show HG00639.hp1 HG02145.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02523.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp2 HG02897.hp2 HG03130.hp2 HG03471.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0005 a0001c0001 a0005c0005	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0005c0005t0046	a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0109 others(13): Show a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0008g0176 a0001c0001t0008g0187 a0001c0001t0008g0188 a0001c0001t0008g0223 a0001c0001t0008g0230 a0001c0001t0008g0233 a0001c0001t0008g0243 a0001c0001t0015g0095 a0001c0001t0015g0186 a0001c0001t0015g0217 a0005c0005t0046g0065	16	340	0.0471	-2	c.59 others(13): Show c.5930_*5931delGA	AP1S3	ENSG00000152056.18	transcript	ENST00000396654.7	protein_coding		2542		chr2	TogoVar
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