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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114490974	ATG ATG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 others(40): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01074.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02300.hp2 HG02523.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03491.hp2 HG03540.hp1 HG03704.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18989.hp1 NA19000.hp1 NA19063.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0005 others(1): Show a0001 a0002 a0005 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0007 a0002c0005 a0005c0011 a0006c0013	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(37): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0087 a0001c0001t0123 a0001c0001t0139 a0001c0001t0142 a0001c0001t0145 a0001c0001t0146 a0001c0001t0148 a0001c0001t0154 a0001c0002t0003 a0001c0002t0009 a0001c0002t0016 a0001c0002t0018 a0001c0002t0032 a0001c0002t0034 a0001c0002t0041 a0001c0002t0051 a0001c0002t0056 a0001c0002t0081 a0001c0002t0103 a0001c0002t0112 a0001c0002t0120 a0001c0002t0133 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0032 a0001c0003t0043 a0001c0003t0121 a0001c0003t0124 a0001c0003t0126 a0001c0003t0147 a0001c0003t0161 a0001c0007t0019 a0002c0005t0092 a0005c0011t0009 a0006c0013t0114	a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0176 others(40): Show a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0176 a0001c0001t0005g0073 a0001c0001t0016g0241 a0001c0001t0018g0102 a0001c0001t0087g0019 a0001c0001t0123g0165 a0001c0001t0139g0101 a0001c0001t0142g0108 a0001c0001t0145g0024 a0001c0001t0146g0104 a0001c0001t0148g0087 a0001c0001t0154g0069 a0001c0002t0003g0206 a0001c0002t0009g0164 a0001c0002t0016g0081 a0001c0002t0018g0059 a0001c0002t0018g0232 a0001c0002t0032g0067 a0001c0002t0034g0062 a0001c0002t0041g0195 a0001c0002t0051g0240 a0001c0002t0056g0123 a0001c0002t0081g0208 a0001c0002t0103g0215 a0001c0002t0112g0015 a0001c0002t0120g0122 a0001c0002t0133g0237 a0001c0003t0001g0207 a0001c0003t0003g0065 a0001c0003t0032g0217 a0001c0003t0043g0235 a0001c0003t0121g0167 a0001c0003t0124g0032 a0001c0003t0126g0163 a0001c0003t0147g0022 a0001c0003t0161g0256 a0001c0007t0019g0132 a0002c0005t0092g0156 a0005c0011t0009g0254 a0005c0011t0009g0255 a0006c0013t0114g0002	43	256	0.1680	-2	c.982 others(17): Show c.982+815_982+816delCA	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	7/22			chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114497681	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00639.hp1 HG01081.hp2 others(16): Show HG00099.hp1 HG00639.hp1 HG01081.hp2 HG01175.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG02622.hp2 HG02717.hp2 HG02896.hp1 HG02922.hp1 HG03654.hp2 HG03710.hp2 HG04204.hp2 HG06807.hp1 NA18969.hp2 NA18983.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19090.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0005	a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 others(13): Show a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0059 a0001c0001t0072 a0001c0001t0075 a0001c0001t0142 a0001c0002t0002 a0001c0002t0037 a0001c0002t0038 a0001c0002t0095 a0001c0002t0155 a0001c0003t0002 a0001c0003t0031 a0001c0003t0043 a0002c0005t0045	a0001c0001t0027g0129 a0001c0001t0027g0158 a0001c0001t0028g0088 others(16): Show a0001c0001t0027g0129 a0001c0001t0027g0158 a0001c0001t0028g0088 a0001c0001t0028g0247 a0001c0001t0030g0188 a0001c0001t0059g0116 a0001c0001t0072g0183 a0001c0001t0075g0197 a0001c0001t0142g0108 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0037g0009 a0001c0002t0038g0248 a0001c0002t0095g0169 a0001c0002t0155g0159 a0001c0003t0002g0041 a0001c0003t0031g0066 a0001c0003t0031g0105 a0001c0003t0043g0078 a0002c0005t0045g0061	19	256	0.0742	-2	c.895 others(19): Show c.895-5805_895-5804delTT	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	6/22			chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114526312	CCA CCA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02723.hp1 HG03225.hp1 HG02258.hp1 HG02723.hp1 HG03225.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0017 a0001c0003 a0001c0017	a0001c0003t0117 a0001c0003t0153 a0001c0017t0011 a0001c0003t0117 a0001c0003t0153 a0001c0017t0011	a0001c0003t0117g0137 a0001c0003t0153g0135 a0001c0017t0011g0125 a0001c0003t0117g0137 a0001c0003t0153g0135 a0001c0017t0011g0125	3	256	0.0117	-2	c.894 others(21): Show c.894+18691_894+18692delTG	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	6/22			chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114541899	AAC AAC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00544.hp1 others(106): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03491.hp2 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