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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABLIM3_chr5_149136493_149265542	149219959	CAG CAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp1 HG02258.hp1 others(14): Show HG01243.hp2 HG02055.hp1 HG02258.hp1 HG02559.hp1 HG02647.hp1 HG02818.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA19043.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0004 a0002c0005	a0001c0001t0005 a0001c0002t0005 a0001c0003t0004 others(2): Show a0001c0001t0005 a0001c0002t0005 a0001c0003t0004 a0002c0004t0004 a0002c0005t0013	a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0022 a0001c0001t0005g0070 others(14): Show a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0022 a0001c0001t0005g0070 a0001c0001t0005g0110 a0001c0001t0005g0229 a0001c0001t0005g0254 a0001c0002t0005g0075 a0001c0002t0005g0114 a0001c0002t0005g0215 a0001c0002t0005g0216 a0001c0002t0005g0217 a0001c0003t0004g0122 a0001c0003t0004g0123 a0002c0004t0004g0014 a0002c0004t0004g0090 a0002c0004t0004g0091 a0002c0005t0013g0020	17	258	0.0659	-2	c.757 others(19): Show c.757+2914_757+2915delAG	ABLIM3	ENSG00000173210.21	transcript	ENST00000309868.12	protein_coding	8/23			chr5	TogoVar
ABLIM3_chr5_149136493_149265542	149223122	ATT ATT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02630.hp1 HG03688.hp2 HG04204.hp2 others(4): Show HG02630.hp1 HG03688.hp2 HG04204.hp2 NA18978.hp1 NA18998.hp2 NA19070.hp2 NA19082.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006	a0001c0001t0004g0074 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0035 others(4): Show a0001c0001t0004g0074 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0035 a0001c0001t0006g0040 a0001c0001t0006g0094 a0001c0001t0006g0128 a0001c0001t0006g0244	7	258	0.0271	-2	c.757 others(19): Show c.757+6086_757+6087delTT	ABLIM3	ENSG00000173210.21	transcript	ENST00000309868.12	protein_coding	8/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ABLIM3_chr5_149136493_149265542	149225982	GTA GTA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01496.hp2 others(9): Show HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01496.hp2 HG01978.hp2 HG03139.hp1 NA18960.hp2 NA18962.hp1 NA18978.hp2 NA18995.hp1 NA18998.hp1 NA19007.hp1 NA19081.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010	a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0161 others(9): Show a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0106 a0001c0001t0010g0134	12	258	0.0465	-2	c.758 others(19): Show c.758-4623_758-4622delAT	ABLIM3	ENSG00000173210.21	transcript	ENST00000309868.12	protein_coding	8/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ABLIM3_chr5_149136493_149265542	149248859	GAC GAC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00738.hp1 HG01099.hp2 others(24): Show HG00423.hp2 HG00738.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02083.hp1 HG02148.hp1 HG02738.hp1 HG04184.hp2 NA18945.hp2 NA18947.hp2 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18979.hp2 NA18988.hp1 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19083.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018	a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0049 others(24): Show a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0015g0206 a0001c0001t0018g0238	27	258	0.1047	-2	c.170 others(19): Show c.1700-917_1700-916delAC	ABLIM3	ENSG00000173210.21	transcript	ENST00000309868.12	protein_coding	18/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ABLIM3_chr5_149136493_149265542	149250164	GAC GAC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp1 HG02738.hp2 NA18906.hp1 HG01261.hp1 HG02738.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0009	a0001c0001t0003 a0001c0009t0007 a0001c0001t0003 a0001c0009t0007	a0001c0001t0003g0017 a0001c0009t0007g0038 a0001c0009t0007g0118 a0001c0001t0003g0017 a0001c0009t0007g0038 a0001c0009t0007g0118	3	258	0.0116	-2	c.173 others(19): Show c.1730-279_1730-278delCA	ABLIM3	ENSG00000173210.21	transcript	ENST00000309868.12	protein_coding	19/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139026680	TCC TCC	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 others(51): Show HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00621.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01884.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02145.hp2 HG02293.hp1 HG02602.hp1 HG03831.hp1 HG04115.hp2 NA18906.hp1 NA18939.hp1 NA18945.hp2 NA18947.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18961.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18978.hp1 NA18979.hp1 NA18981.hp1 NA18985.hp2 NA18988.hp1 NA18995.hp1 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19030.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19067.hp1 NA19070.hp2 NA19079.hp1 NA19081.hp1 NA19082.hp2 NA19084.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 others(40): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0003g0002	54	448	0.1205	-2	c.-22 others(13): Show c.-2201_-2200delCC	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding		2064		chr6	TogoVar
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ABRACL_chr6_139023745_139048302	139041425	ATC ATC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02622.hp1 others(8): Show HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02809.hp1 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp2 NA18522.hp1 NA19056.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0057 others(5): Show a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0162	11	448	0.0246	-2	c.62- others(17): Show c.62-1268_62-1267delCT	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr6	TogoVar
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