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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABR_chr17_998519_1184981	1131892	CCT CCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02132.hp1 others(10): Show HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02132.hp1 HG02523.hp1 HG02698.hp1 HG03834.hp2 HG04199.hp2 NA18747.hp2 NA18954.hp2 NA18962.hp1 NA18980.hp1 NA19063.hp1 NA19074.hp1	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0008 a0001c0001 a0005c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 a0001c0001t0026 a0001c0001t0030 a0001c0001t0033 a0001c0001t0078 a0001c0001t0090 a0005c0008t0020	a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0004g0257 a0001c0001t0004g0293 others(10): Show a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0004g0257 a0001c0001t0004g0293 a0001c0001t0006g0233 a0001c0001t0007g0288 a0001c0001t0009g0046 a0001c0001t0013g0043 a0001c0001t0026g0027 a0001c0001t0030g0107 a0001c0001t0033g0327 a0001c0001t0078g0289 a0001c0001t0090g0301 a0005c0008t0020g0132	13	337	0.0386	-2	c.62- others(17): Show c.62-6527_62-6526delAG	ABR	ENSG00000159842.16	transcript	ENST00000302538.10	protein_coding	1/22		chr17	TogoVar
ABR_chr17_998519_1184981	1132377	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02572.hp1 others(21): Show HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19043.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0039 a0001c0001t0040 a0001c0001t0043 a0001c0001t0066 a0001c0001t0091 a0001c0002t0042 a0001c0002t0060 a0001c0003t0012 a0001c0003t0016 a0001c0003t0017 a0001c0003t0021 a0001c0003t0052 a0001c0006t0047	a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0226 others(21): Show a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0005g0283 a0001c0001t0007g0280 a0001c0001t0007g0281 a0001c0001t0017g0113 a0001c0001t0018g0111 a0001c0001t0021g0284 a0001c0001t0027g0038 a0001c0001t0028g0122 a0001c0001t0039g0010 a0001c0001t0040g0002 a0001c0001t0043g0008 a0001c0001t0066g0236 a0001c0001t0091g0286 a0001c0002t0042g0016 a0001c0002t0060g0234 a0001c0003t0012g0105 a0001c0003t0016g0163 a0001c0003t0017g0120 a0001c0003t0021g0276 a0001c0003t0052g0220 a0001c0006t0047g0227	24	337	0.0712	-2	c.62- others(17): Show c.62-7012_62-7011delAA	ABR	ENSG00000159842.16	transcript	ENST00000302538.10	protein_coding	1/22		chr17	TogoVar
ABR_chr17_998519_1184981	1135373	TTG TTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18947.hp2 NA18967.hp2 NA18982.hp1 others(1): Show NA18947.hp2 NA18967.hp2 NA18982.hp1 NA19063.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0010 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0010	a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0004g0319 a0001c0001t0010g0314 others(1): Show a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0004g0319 a0001c0001t0010g0314 a0001c0001t0010g0321	4	337	0.0119	-2	c.62- others(19): Show c.62-10008_62-10007delCA	ABR	ENSG00000159842.16	transcript	ENST00000302538.10	protein_coding	1/22		chr17	TogoVar
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ABR_chr17_998519_1184981	1137442	CAG CAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(269): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 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