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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABTB3_chr12_107313434_107664642	107601238	GGA GGA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00621.hp2 others(54): Show HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00621.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01943.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02015.hp1 HG02074.hp1 HG02155.hp1 HG02257.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02738.hp1 HG02809.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03834.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18942.hp1 NA18954.hp1 NA18964.hp1 NA18979.hp2 NA18982.hp2 NA18983.hp1 NA18989.hp1 NA19002.hp2 NA19030.hp2 NA19063.hp2 NA19065.hp2 NA19070.hp1 NA19087.hp2 NA19090.hp2 NA20129.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0003 others(4): Show a0001 a0002 a0003 a0007 a0009 a0014 a0018	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011 others(13): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011 a0001c0012 a0002c0002 a0002c0009 a0002c0018 a0002c0031 a0003c0004 a0003c0008 a0003c0021 a0003c0029 a0007c0010 a0009c0034 a0014c0023 a0018c0027	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(32): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0003t0005 a0001c0003t0006 a0001c0003t0035 a0001c0011t0006 a0001c0011t0031 a0001c0012t0027 a0002c0002t0001 a0002c0002t0004 a0002c0002t0007 a0002c0002t0010 a0002c0002t0012 a0002c0002t0023 a0002c0002t0034 a0002c0009t0003 a0002c0009t0029 a0002c0018t0020 a0002c0031t0003 a0003c0004t0001 a0003c0004t0002 a0003c0004t0011 a0003c0008t0001 a0003c0008t0002 a0003c0008t0011 a0003c0021t0006 a0003c0029t0002 a0007c0010t0003 a0007c0010t0005 a0009c0034t0003 a0014c0023t0006 a0018c0027t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 others(54): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0082 a0001c0001t0002g0105 a0001c0001t0002g0106 a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0004g0031 a0001c0001t0006g0100 a0001c0003t0005g0133 a0001c0003t0005g0135 a0001c0003t0005g0136 a0001c0003t0005g0158 a0001c0003t0006g0140 a0001c0003t0006g0147 a0001c0003t0035g0142 a0001c0011t0006g0101 a0001c0011t0031g0075 a0001c0012t0027g0023 a0002c0002t0001g0060 a0002c0002t0004g0059 a0002c0002t0004g0110 a0002c0002t0004g0112 a0002c0002t0004g0114 a0002c0002t0004g0116 a0002c0002t0004g0127 a0002c0002t0007g0178 a0002c0002t0010g0181 a0002c0002t0010g0182 a0002c0002t0012g0177 a0002c0002t0012g0180 a0002c0002t0023g0121 a0002c0002t0034g0115 a0002c0009t0003g0064 a0002c0009t0003g0065 a0002c0009t0029g0069 a0002c0018t0020g0168 a0002c0031t0003g0066 a0003c0004t0001g0022 a0003c0004t0001g0024 a0003c0004t0002g0076 a0003c0004t0011g0155 a0003c0008t0001g0021 a0003c0008t0001g0049 a0003c0008t0001g0052 a0003c0008t0002g0092 a0003c0008t0011g0153 a0003c0021t0006g0151 a0003c0029t0002g0131 a0007c0010t0003g0162 a0007c0010t0005g0090 a0007c0010t0005g0150 a0009c0034t0003g0070 a0014c0023t0006g0099 a0018c0027t0001g0045	57	186	0.3065	-2	c.164 others(21): Show c.1644-8951_1644-8950delGA	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	4/16			chr12	TogoVar
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