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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP2_chr3_195269745_195448020	195393884	TGG TGG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00673.hp1 others(36): Show HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00673.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp2 HG02523.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG04184.hp1 NA18747.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18951.hp2 NA18974.hp2 NA18998.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp2 NA19006.hp1 NA19078.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0024 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 others(3): Show a0001c0001t0024 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0015 a0001c0002t0025 a0001c0002t0035	a0001c0001t0024g0003 a0001c0002t0001g0043 a0001c0002t0004g0004 others(36): Show a0001c0001t0024g0003 a0001c0002t0001g0043 a0001c0002t0004g0004 a0001c0002t0004g0024 a0001c0002t0004g0025 a0001c0002t0004g0026 a0001c0002t0004g0027 a0001c0002t0004g0028 a0001c0002t0004g0030 a0001c0002t0004g0031 a0001c0002t0004g0032 a0001c0002t0004g0033 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0036 a0001c0002t0004g0040 a0001c0002t0004g0041 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0004g0045 a0001c0002t0004g0046 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0048 a0001c0002t0004g0049 a0001c0002t0004g0050 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0056 a0001c0002t0004g0057 a0001c0002t0004g0205 a0001c0002t0004g0319 a0001c0002t0015g0029 a0001c0002t0015g0038 a0001c0002t0015g0039 a0001c0002t0025g0037 a0001c0002t0035g0058	39	324	0.1204	-2	c.54- others(17): Show c.54-1739_54-1738delCC	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22		chr3	TogoVar
ACAP2_chr3_195269745_195448020	195407200	TAA TAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 others(110): Show HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01255.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp2 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02523.hp1 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02818.hp1 HG02965.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03453.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp1 NA18944.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18957.hp2 NA18961.hp2 NA18965.hp1 NA18974.hp1 NA18978.hp2 NA18981.hp2 NA18982.hp2 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA18986.hp1 NA18989.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp1 NA18995.hp1 NA18998.hp2 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19003.hp1 NA19006.hp1 NA19006.hp2 NA19009.hp1 NA19009.hp2 NA19043.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19065.hp1 NA19068.hp2 NA19078.hp2 NA19080.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA19087.hp1 NA19088.hp1 NA19091.hp1 NA20129.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 a0001c0001t0023 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0033 a0001c0001t0037 a0001c0002t0004 a0001c0003t0013 a0001c0003t0026	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 others(110): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0229 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0271 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0285 a0001c0001t0001g0286 a0001c0001t0001g0287 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0299 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0001g0305 a0001c0001t0001g0320 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0265 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0002g0292 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0300 a0001c0001t0002g0303 a0001c0001t0002g0304 a0001c0001t0007g0210 a0001c0001t0010g0222 a0001c0001t0010g0227 a0001c0001t0010g0267 a0001c0001t0010g0273 a0001c0001t0010g0297 a0001c0001t0017g0005 a0001c0001t0017g0302 a0001c0001t0017g0306 a0001c0001t0018g0213 a0001c0001t0018g0240 a0001c0001t0020g0322 a0001c0001t0020g0324 a0001c0001t0023g0263 a0001c0001t0027g0316 a0001c0001t0028g0298 a0001c0001t0029g0247 a0001c0001t0031g0214 a0001c0001t0033g0261 a0001c0001t0037g0323 a0001c0002t0004g0025 a0001c0002t0004g0026 a0001c0002t0004g0027 a0001c0003t0013g0206 a0001c0003t0013g0208 a0001c0003t0013g0209 a0001c0003t0026g0207	113	324	0.3488	-2	c.54- others(19): Show c.54-15055_54-15054delTT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22		chr3	TogoVar
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