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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACBD5_chr10_27190214_27245797	27217455	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 others(49): Show HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00673.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01192.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02135.hp1 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02523.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp2 HG03471.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 NA18939.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18964.hp1 NA18970.hp1 NA18989.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp1 NA19000.hp2 NA19007.hp1 NA19012.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19058.hp1 NA19085.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0005 a0001c0010 a0003c0006 others(1): Show a0001c0005 a0001c0010 a0003c0006 a0003c0013	a0001c0005t0002 a0001c0005t0008 a0001c0005t0014 others(5): Show a0001c0005t0002 a0001c0005t0008 a0001c0005t0014 a0001c0005t0016 a0001c0010t0017 a0003c0006t0004 a0003c0006t0018 a0003c0013t0004	a0001c0005t0002g0030 a0001c0005t0002g0031 a0001c0005t0002g0032 others(46): Show a0001c0005t0002g0030 a0001c0005t0002g0031 a0001c0005t0002g0032 a0001c0005t0002g0117 a0001c0005t0002g0118 a0001c0005t0002g0119 a0001c0005t0002g0120 a0001c0005t0002g0121 a0001c0005t0002g0122 a0001c0005t0002g0123 a0001c0005t0002g0147 a0001c0005t0002g0154 a0001c0005t0002g0155 a0001c0005t0002g0190 a0001c0005t0002g0191 a0001c0005t0002g0192 a0001c0005t0002g0193 a0001c0005t0002g0196 a0001c0005t0002g0202 a0001c0005t0002g0210 a0001c0005t0008g0168 a0001c0005t0008g0169 a0001c0005t0008g0170 a0001c0005t0008g0171 a0001c0005t0014g0151 a0001c0005t0016g0195 a0001c0010t0017g0358 a0003c0006t0004g0001 a0003c0006t0004g0124 a0003c0006t0004g0125 a0003c0006t0004g0126 a0003c0006t0004g0127 a0003c0006t0004g0128 a0003c0006t0004g0129 a0003c0006t0004g0130 a0003c0006t0004g0131 a0003c0006t0004g0132 a0003c0006t0004g0133 a0003c0006t0004g0134 a0003c0006t0004g0135 a0003c0006t0004g0137 a0003c0006t0004g0138 a0003c0006t0004g0139 a0003c0006t0004g0140 a0003c0006t0004g0141 a0003c0006t0004g0142 a0003c0006t0004g0143 a0003c0006t0018g0136 a0003c0013t0004g0160	52	384	0.1354	-2	c.829 others(17): Show c.829+523_829+524delTT	ACBD5	ENSG00000107897.20	transcript	ENST00000396271.8	protein_coding	7/12			chr10	TogoVar
ACBD5_chr10_27190214_27245797	27221917	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00597.hp2 others(95): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01109.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02486.hp2 HG02738.hp2 HG03017.hp2 HG03209.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03669.hp2 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG04115.hp2 HG04199.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp2 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18944.hp2 NA18946.hp2 NA18948.hp1 NA18950.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18961.hp1 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp2 NA18975.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18982.hp2 NA18984.hp2 NA18985.hp2 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18993.hp2 NA18994.hp1 NA19000.hp1 NA19001.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19065.hp2 NA19067.hp2 NA19075.hp1 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA19084.hp2 NA19090.hp2 NA20129.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0015 a0001c0002t0001 a0001c0003t0001 a0002c0012t0001	a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 others(93): Show a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0037 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0041 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0043 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0059 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0074 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0076 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0078 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0002g0082 a0001c0001t0002g0084 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0086 a0001c0001t0002g0087 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0091 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0096 a0001c0001t0002g0097 a0001c0001t0002g0098 a0001c0001t0002g0099 a0001c0001t0002g0100 a0001c0001t0002g0101 a0001c0001t0002g0102 a0001c0001t0002g0105 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0112 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0003g0360 a0001c0001t0006g0051 a0001c0001t0006g0064 a0001c0001t0006g0065 a0001c0001t0006g0106 a0001c0001t0015g0038 a0001c0002t0001g0222 a0001c0002t0001g0246 a0001c0002t0001g0272 a0001c0002t0001g0277 a0001c0002t0001g0282 a0001c0002t0001g0296 a0001c0003t0001g0164 a0002c0012t0001g0261	98	384	0.2552	-2	c.490 others(19): Show c.490+1419_490+1420delTT	ACBD5	ENSG00000107897.20	transcript	ENST00000396271.8	protein_coding	5/12			chr10	TogoVar
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