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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACCS_chr11_44061270_44089237	44062370	TTC TTC	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(120): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01243.hp2 HG01884.hp2 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02647.hp2 HG02735.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03209.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03834.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18939.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18943.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp1 NA18957.hp1 NA18957.hp2 NA18960.hp2 NA18962.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp1 NA18973.hp2 NA18978.hp2 NA18980.hp1 NA18980.hp2 NA18982.hp1 NA18982.hp2 NA18985.hp1 NA18987.hp1 NA18987.hp2 NA18992.hp2 NA18993.hp2 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA18997.hp1 NA18997.hp2 NA18998.hp2 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19030.hp1 NA19054.hp1 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19067.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19081.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19088.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0002 a0003 others(5): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0008 a0011 a0012 a0013	a0001c0001 a0002c0003 a0002c0004 others(6): Show a0001c0001 a0002c0003 a0002c0004 a0003c0002 a0004c0005 a0008c0011 a0011c0014 a0012c0015 a0013c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0002c0003t0001 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0002c0003t0001 a0002c0004t0001 a0002c0004t0007 a0003c0002t0001 a0003c0002t0002 a0003c0002t0007 a0004c0005t0001 a0008c0011t0001 a0011c0014t0001 a0012c0015t0001 a0013c0013t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 others(84): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0009g0133 a0002c0003t0001g0020 a0002c0003t0001g0039 a0002c0003t0001g0067 a0002c0003t0001g0111 a0002c0003t0001g0112 a0002c0003t0001g0113 a0002c0003t0001g0114 a0002c0003t0001g0115 a0002c0003t0001g0116 a0002c0003t0001g0117 a0002c0003t0001g0125 a0002c0003t0001g0126 a0002c0003t0001g0127 a0002c0003t0001g0135 a0002c0003t0001g0139 a0002c0003t0001g0149 a0002c0003t0001g0150 a0002c0004t0001g0065 a0002c0004t0001g0066 a0002c0004t0001g0104 a0002c0004t0001g0106 a0002c0004t0001g0142 a0002c0004t0001g0143 a0002c0004t0001g0152 a0002c0004t0007g0136 a0003c0002t0001g0032 a0003c0002t0001g0035 a0003c0002t0001g0092 a0003c0002t0001g0098 a0003c0002t0001g0103 a0003c0002t0002g0008 a0003c0002t0002g0030 a0003c0002t0007g0094 a0003c0002t0007g0095 a0004c0005t0001g0068 a0004c0005t0001g0093 a0004c0005t0001g0096 a0004c0005t0001g0097 a0004c0005t0001g0099 a0004c0005t0001g0100 a0004c0005t0001g0101 a0004c0005t0001g0102 a0008c0011t0001g0022 a0011c0014t0001g0121 a0012c0015t0001g0151 a0013c0013t0001g0119	123	438	0.2808	-2	c.-43 others(13): Show c.-4331_-4330delTC	ACCS	ENSG00000110455.14	transcript	ENST00000263776.9	protein_coding		3899		chr11	TogoVar
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