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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACSL1_chr4_184750595_184830968	184828252	CAA CAA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00741.hp2 others(19): Show HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01168.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01433.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02071.hp1 HG02523.hp1 HG03239.hp2 HG03710.hp1 HG04115.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp2 NA18950.hp2 NA19078.hp2 NA19083.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0003t0003 a0001c0005t0003 a0001c0008t0004	a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0262 others(19): Show a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0332 a0001c0001t0001g0334 a0001c0001t0001g0336 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0333 a0001c0001t0004g0347 a0001c0003t0003g0236 a0001c0003t0003g0260 a0001c0003t0003g0268 a0001c0003t0003g0283 a0001c0003t0003g0284 a0001c0003t0003g0297 a0001c0003t0003g0314 a0001c0003t0003g0317 a0001c0003t0003g0318 a0001c0003t0003g0358 a0001c0005t0003g0266 a0001c0008t0004g0304	22	392	0.0561	-2	c.-23 others(13): Show c.-2371_-2370delTT	ACSL1	ENSG00000151726.16	transcript	ENST00000281455.7	protein_coding		2285		chr4	TogoVar
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ACSL1_chr4_184750595_184830968	184829079	CTT CTT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 others(139): Show HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01975.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 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