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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ACTN3_chr11_66541903_66568334	66552880	TCA TCA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00642.hp2 HG01109.hp2 others(14): Show HG00099.hp2 HG00642.hp2 HG01109.hp2 HG01891.hp1 HG02145.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02886.hp2 HG02965.hp2 HG03209.hp2 HG03486.hp2 HG06807.hp1 NA18969.hp2 NA18990.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 others(7): Show a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0163	17	400	0.0425	-2	c.383 others(19): Show c.383-1134_383-1133delCA	ACTN3	ENSG00000248746.6	transcript	ENST00000513398.2	protein_coding	3/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
ACTN4_chr19_38642649_38736589	38660981	AAG AAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02257.hp1 HG02559.hp2 others(3): Show HG01891.hp2 HG02257.hp1 HG02559.hp2 HG03098.hp1 HG03453.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0010 a0001c0011 a0001c0002 a0001c0010 a0001c0011	a0001c0002t0012 a0001c0002t0033 a0001c0010t0001 others(1): Show a0001c0002t0012 a0001c0002t0033 a0001c0010t0001 a0001c0011t0012	a0001c0002t0012g0003 a0001c0002t0012g0301 a0001c0002t0033g0300 others(2): Show a0001c0002t0012g0003 a0001c0002t0012g0301 a0001c0002t0033g0300 a0001c0010t0001g0292 a0001c0011t0012g0291	6	314	0.0191	-2	c.162 others(21): Show c.162+13080_162+13081delGA	ACTN4	ENSG00000130402.14	transcript	ENST00000252699.7	protein_coding	1/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ACTN4_chr19_38642649_38736589	38673475	TTA TTA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp2 others(9): Show HG00438.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02155.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp2 NA18954.hp1 NA19005.hp2 NA19081.hp1 NA19088.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0038 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0038	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0110 others(8): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0111 a0001c0001t0002g0112 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0010g0078 a0001c0001t0010g0082 a0001c0001t0010g0211 a0001c0001t0038g0158	12	314	0.0382	-2	c.162 others(21): Show c.162+25578_162+25579delAT	ACTN4	ENSG00000130402.14	transcript	ENST00000252699.7	protein_coding	1/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ACTN4_chr19_38642649_38736589	38673565	ATT ATT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00733.hp2 HG01123.hp1 HG01257.hp2 others(1): Show HG00733.hp2 HG01123.hp1 HG01257.hp2 NA18961.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0001g0059 a0001c0002t0001g0062 others(1): Show a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0001g0059 a0001c0002t0001g0062 a0001c0002t0001g0071	4	314	0.0127	-2	c.162 others(21): Show c.162+25660_162+25661delTT	ACTN4	ENSG00000130402.14	transcript	ENST00000252699.7	protein_coding	1/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ACTN4_chr19_38642649_38736589	38673577	TCA TCA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG02647.hp1 HG02896.hp1 others(2): Show HG01109.hp1 HG02647.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03453.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0002 a0001c0007 a0005c0018 a0001c0002 a0001c0007 a0005c0018	a0001c0002t0040 a0001c0007t0001 a0005c0018t0001 a0001c0002t0040 a0001c0007t0001 a0005c0018t0001	a0001c0002t0040g0203 a0001c0007t0001g0200 a0001c0007t0001g0202 others(2): Show a0001c0002t0040g0203 a0001c0007t0001g0200 a0001c0007t0001g0202 a0001c0007t0001g0204 a0005c0018t0001g0201	5	314	0.0159	-2	c.162 others(21): Show c.162+25671_162+25672delCA	ACTN4	ENSG00000130402.14	transcript	ENST00000252699.7	protein_coding	1/20			chr19	TogoVar
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