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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACYP2_chr2_53966113_54310300	54035265	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00597.hp2 others(41): Show HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01358.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG01978.hp1 HG02040.hp1 HG02056.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02293.hp2 HG02615.hp2 HG02683.hp1 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03831.hp2 NA18522.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18969.hp2 NA18986.hp1 NA18992.hp1 NA18994.hp2 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19009.hp1 NA19062.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp2 NA19080.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 others(41): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0004g0114 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0171 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0217 a0001c0001t0004g0222 a0001c0001t0004g0225 a0001c0001t0004g0226 a0001c0001t0004g0238 a0001c0001t0004g0272 a0001c0001t0011g0126 a0001c0002t0002g0033 a0001c0002t0005g0062	44	272	0.1618	-2	c.63- others(19): Show c.63-15676_63-15675delTT	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	2/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ACYP2_chr2_53966113_54310300	54038673	CTA CTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01255.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 others(11): Show HG01255.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG02155.hp2 HG02486.hp1 HG02615.hp2 HG02683.hp1 HG02976.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp2 NA19002.hp2 NA19066.hp2 NA19080.hp2 NA20752.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0003c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0003c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0005 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0005 a0003c0004t0007	a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0130 others(11): Show a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0004g0114 a0001c0001t0004g0222 a0001c0001t0004g0272 a0001c0002t0005g0062 a0003c0004t0007g0004	14	272	0.0515	-2	c.63- others(19): Show c.63-12246_63-12245delTA	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	2/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ACYP2_chr2_53966113_54310300	54039819	TTG TTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01081.hp1 others(19): Show HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01081.hp1 HG01168.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01891.hp1 HG02056.hp1 HG02451.hp2 HG02735.hp1 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02970.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03831.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp2 NA18986.hp2 NA19056.hp2 NA19077.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0002 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 a0002c0003t0002 a0004c0006t0001	a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0221 others(19): Show a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0004g0195 a0001c0002t0002g0016 a0001c0002t0002g0036 a0001c0002t0002g0045 a0001c0002t0002g0048 a0001c0002t0002g0088 a0001c0002t0002g0089 a0001c0002t0002g0104 a0001c0002t0002g0271 a0001c0002t0003g0080 a0001c0002t0003g0081 a0001c0002t0003g0083 a0001c0002t0003g0085 a0001c0002t0005g0017 a0001c0002t0006g0006 a0001c0002t0009g0084 a0001c0002t0009g0086 a0002c0003t0002g0007 a0004c0006t0001g0185	22	272	0.0809	-2	c.63- others(19): Show c.63-11089_63-11088delGT	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	2/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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