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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	chr	external
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65146266	CAG CAG	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG02015.hp1 HG02080.hp2 HG00621.hp2 HG02015.hp1 HG02080.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0174	3	204	0.0147	-2	c.55 others(13): Show c.5568_*5569delCT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding		2471	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65148386	CAA CAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01981.hp2 HG02071.hp1 HG02258.hp2 others(4): Show HG01981.hp2 HG02071.hp1 HG02258.hp2 HG02886.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0011 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0011	a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0127 others(4): Show a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0127 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0011g0045	7	204	0.0343	-2	c.34 others(13): Show c.3448_*3449delTT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding		351	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65162620	TAC TAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 others(24): Show HG00735.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02602.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03540.hp2 HG03710.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 NA18942.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA19001.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp2 NA19057.hp1 NA19058.hp1 NA19081.hp1 NA20129.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0003t0001 a0001c0012t0001	a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0036 others(24): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0004g0194 a0001c0001t0005g0201 a0001c0001t0008g0002 a0001c0003t0001g0040 a0001c0003t0001g0052 a0001c0012t0001g0177	27	204	0.1324	-2	c.324 others(21): Show c.3244+7995_3244+7996delGT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	24/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65162752	AAT AAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp1 HG01981.hp1 HG04204.hp2 HG01952.hp1 HG01981.hp1 HG04204.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0007 a0001c0001t0007	a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0032 a0001c0001t0007g0058 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0032 a0001c0001t0007g0058	3	204	0.0147	-2	c.324 others(21): Show c.3244+7863_3244+7864delAT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	24/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65172686	ACT ACT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02451.hp2 HG02630.hp1 others(3): Show HG01884.hp1 HG02451.hp2 HG02630.hp1 NA19043.hp2 NA19240.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0006c0007 a0001c0001 a0006c0007	a0001c0001t0002 a0006c0007t0002 a0001c0001t0002 a0006c0007t0002	a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 others(3): Show a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0006c0007t0002g0106	6	204	0.0294	-2	c.308 others(19): Show c.3087+144_3087+145delAG	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	23/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65179954	ACG ACG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01175.hp1 HG02055.hp1 HG02145.hp2 others(6): Show HG01175.hp1 HG02055.hp1 HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02615.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG03195.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0005 a0001c0001 a0005c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0005c0005t0001	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0183 others(6): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0004g0194 a0001c0001t0004g0196 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0200 a0001c0001t0004g0203 a0005c0005t0001g0111	9	204	0.0441	-2	c.291 others(21): Show c.2911-6948_2911-6947delCG	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	22/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65206699	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01952.hp1 others(6): Show HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01952.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp1 HG02630.hp2 HG02895.hp2 HG04204.hp2 NA18942.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0152 others(6): Show a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0004g0203 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0058	9	204	0.0441	-2	c.257 others(21): Show c.2575+8093_2575+8094delTT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	20/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65206838	TCA TCA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 others(13): Show HG00741.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG03041.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA18962.hp1 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005	a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0002g0009 others(13): Show a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0005g0197 a0001c0001t0005g0199 a0001c0001t0010g0087 a0001c0002t0002g0023 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0005g0190 a0001c0002t0005g0191	16	204	0.0784	-2	c.257 others(21): Show c.2575+7954_2575+7955delTG	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	20/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65212423	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp2 HG01952.hp1 HG02015.hp2 others(5): Show HG01261.hp2 HG01952.hp1 HG02015.hp2 HG02280.hp1 HG04184.hp1 HG04204.hp2 NA18964.hp2 NA18973.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0028 others(5): Show a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0058	8	204	0.0392	-2	c.257 others(21): Show c.2575+2369_2575+2370delAA	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	20/24		chr5	TogoVar
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