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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAR_chr1_154577057_154613186	154593135	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG03453.hp2 HG03579.hp2 others(3): Show HG01884.hp2 HG03453.hp2 HG03579.hp2 NA19030.hp1 NA19068.hp2 NA20129.hp2	a0002 a0008 a0002 a0008	a0002c0002 a0002c0003 a0008c0010 a0002c0002 a0002c0003 a0008c0010	a0002c0002t0001 a0002c0003t0005 a0002c0003t0006 others(1): Show a0002c0002t0001 a0002c0003t0005 a0002c0003t0006 a0008c0010t0001	a0002c0002t0001g0164 a0002c0003t0005g0279 a0002c0003t0006g0265 others(3): Show a0002c0002t0001g0164 a0002c0003t0005g0279 a0002c0003t0006g0265 a0002c0003t0006g0266 a0002c0003t0006g0267 a0008c0010t0001g0212	6	416	0.0144	-2	c.227 others(21): Show c.2271-2728_2271-2727delTT	ADAR	ENSG00000160710.18	transcript	ENST00000368474.9	protein_coding	6/14			chr1	TogoVar
ADAR_chr1_154577057_154613186	154607733	GCA GCA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02015.hp1 HG02738.hp1 NA18971.hp1 HG02015.hp1 HG02738.hp1 NA18971.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058	3	416	0.0072	-2	c.15+ others(15): Show c.15+257_15+258delTG	ADAR	ENSG00000160710.18	transcript	ENST00000368474.9	protein_coding	1/14			chr1	TogoVar
ADAT1_chr16_75591868_75628281	75595116	CAA CAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02109.hp1 HG02809.hp1 HG03195.hp1 others(1): Show HG02109.hp1 HG02809.hp1 HG03195.hp1 HG03471.hp1	a0003 a0003	a0003c0004 a0003c0004	a0003c0004t0021 a0003c0004t0074 a0003c0004t0021 a0003c0004t0074	a0003c0004t0021g0318 a0003c0004t0021g0319 a0003c0004t0021g0320 others(1): Show a0003c0004t0021g0318 a0003c0004t0021g0319 a0003c0004t0021g0320 a0003c0004t0074g0321	4	348	0.0115	-2	c.50 others(13): Show c.5098_*5099delTT	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding		1751		chr16	TogoVar
ADAT1_chr16_75591868_75628281	75596024	CTT CTT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 others(17): Show HG00558.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01891.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02723.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03540.hp1 NA18522.hp1 NA18953.hp2	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0005c0006 a0001c0001 a0002c0002 a0005c0006	a0001c0001t0003 a0001c0001t0029 a0001c0001t0041 others(10): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0029 a0001c0001t0041 a0002c0002t0001 a0002c0002t0073 a0005c0006t0011 a0005c0006t0017 a0005c0006t0042 a0005c0006t0043 a0005c0006t0044 a0005c0006t0045 a0005c0006t0046 a0005c0006t0047	a0001c0001t0003g0089 a0001c0001t0029g0222 a0001c0001t0029g0223 others(17): Show a0001c0001t0003g0089 a0001c0001t0029g0222 a0001c0001t0029g0223 a0001c0001t0041g0121 a0002c0002t0001g0165 a0002c0002t0073g0317 a0005c0006t0011g0113 a0005c0006t0011g0115 a0005c0006t0011g0117 a0005c0006t0011g0119 a0005c0006t0011g0125 a0005c0006t0017g0116 a0005c0006t0017g0118 a0005c0006t0017g0124 a0005c0006t0042g0120 a0005c0006t0043g0112 a0005c0006t0044g0123 a0005c0006t0045g0114 a0005c0006t0046g0122 a0005c0006t0047g0126	20	348	0.0575	-2	c.41 others(13): Show c.4190_*4191delAA	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding		843		chr16	TogoVar
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