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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24911637	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 others(10): Show HG00642.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02717.hp2 HG02738.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03486.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0002 a0001c0006 a0001c0010 others(4): Show a0001c0002 a0001c0006 a0001c0010 a0001c0021 a0002c0001 a0002c0007 a0004c0019	a0001c0002t0002 a0001c0002t0013 a0001c0006t0003 others(6): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0013 a0001c0006t0003 a0001c0006t0007 a0001c0010t0003 a0001c0021t0005 a0002c0001t0001 a0002c0007t0005 a0004c0019t0003	a0001c0002t0002g0041 a0001c0002t0013g0270 a0001c0006t0003g0247 others(10): Show a0001c0002t0002g0041 a0001c0002t0013g0270 a0001c0006t0003g0247 a0001c0006t0007g0261 a0001c0006t0007g0262 a0001c0006t0007g0263 a0001c0010t0003g0267 a0001c0021t0005g0107 a0002c0001t0001g0130 a0002c0001t0001g0131 a0002c0001t0001g0132 a0002c0007t0005g0207 a0004c0019t0003g0212	13	272	0.0478	-2	c.675 others(19): Show c.675+6674_675+6675delTT	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	2/21			chr2	TogoVar
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24912603	GCA GCA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp1 others(100): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01496.hp1 HG01891.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18906.hp1 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18942.hp2 NA18945.hp2 NA18948.hp2 NA18950.hp1 NA18957.hp2 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18970.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp1 NA18979.hp2 NA18982.hp2 NA18995.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19005.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19056.hp1 NA19060.hp2 NA19066.hp2 NA19070.hp2 NA19079.hp1 NA19084.hp2 NA19088.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 others(8): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0009 a0001c0011 a0001c0012 a0001c0013 a0001c0020 a0001c0025 a0002c0001 a0006c0023	a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0006 others(17): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 a0001c0002t0015 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0005 a0001c0004t0001 a0001c0004t0005 a0001c0004t0016 a0001c0009t0003 a0001c0011t0002 a0001c0012t0001 a0001c0013t0001 a0001c0013t0005 a0001c0020t0004 a0001c0025t0001 a0002c0001t0005 a0006c0023t0001	a0001c0002t0002g0018 a0001c0002t0002g0029 a0001c0002t0002g0030 others(100): Show a0001c0002t0002g0018 a0001c0002t0002g0029 a0001c0002t0002g0030 a0001c0002t0002g0031 a0001c0002t0002g0037 a0001c0002t0002g0038 a0001c0002t0002g0039 a0001c0002t0002g0040 a0001c0002t0002g0041 a0001c0002t0002g0064 a0001c0002t0002g0065 a0001c0002t0002g0066 a0001c0002t0002g0067 a0001c0002t0002g0068 a0001c0002t0002g0073 a0001c0002t0002g0074 a0001c0002t0002g0100 a0001c0002t0002g0105 a0001c0002t0002g0109 a0001c0002t0002g0110 a0001c0002t0004g0072 a0001c0002t0004g0082 a0001c0002t0004g0083 a0001c0002t0004g0087 a0001c0002t0004g0089 a0001c0002t0004g0091 a0001c0002t0004g0092 a0001c0002t0004g0093 a0001c0002t0004g0094 a0001c0002t0004g0095 a0001c0002t0004g0096 a0001c0002t0004g0097 a0001c0002t0004g0115 a0001c0002t0006g0215 a0001c0002t0006g0216 a0001c0002t0006g0219 a0001c0002t0009g0005 a0001c0002t0009g0006 a0001c0002t0009g0007 a0001c0002t0009g0008 a0001c0002t0015g0003 a0001c0003t0001g0034 a0001c0003t0001g0036 a0001c0003t0001g0047 a0001c0003t0001g0052 a0001c0003t0001g0053 a0001c0003t0001g0054 a0001c0003t0001g0055 a0001c0003t0001g0070 a0001c0003t0001g0078 a0001c0003t0001g0081 a0001c0003t0001g0085 a0001c0003t0001g0104 a0001c0003t0001g0108 a0001c0003t0001g0111 a0001c0003t0001g0116 a0001c0003t0003g0213 a0001c0003t0003g0214 a0001c0003t0003g0217 a0001c0003t0005g0019 a0001c0003t0005g0042 a0001c0003t0005g0043 a0001c0003t0005g0045 a0001c0003t0005g0048 a0001c0003t0005g0049 a0001c0003t0005g0050 a0001c0003t0005g0051 a0001c0003t0005g0056 a0001c0003t0005g0057 a0001c0003t0005g0058 a0001c0003t0005g0059 a0001c0003t0005g0060 a0001c0003t0005g0061 a0001c0003t0005g0071 a0001c0003t0005g0075 a0001c0003t0005g0077 a0001c0003t0005g0086 a0001c0004t0001g0033 a0001c0004t0001g0044 a0001c0004t0001g0069 a0001c0004t0001g0079 a0001c0004t0001g0088 a0001c0004t0001g0098 a0001c0004t0001g0099 a0001c0004t0001g0101 a0001c0004t0001g0103 a0001c0004t0001g0106 a0001c0004t0005g0046 a0001c0004t0005g0063 a0001c0004t0016g0004 a0001c0009t0003g0218 a0001c0011t0002g0076 a0001c0011t0002g0080 a0001c0011t0002g0084 a0001c0012t0001g0112 a0001c0012t0001g0113 a0001c0012t0001g0114 a0001c0013t0001g0090 a0001c0013t0005g0062 a0001c0020t0004g0102 a0001c0025t0001g0035 a0002c0001t0005g0205 a0006c0023t0001g0117	103	272	0.3787	-2	c.675 others(19): Show c.675+5708_675+5709delTG	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	2/21			chr2	TogoVar
ADCY4_chr14_24313359_24340071	24317369	CAA CAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02976.hp1 HG03579.hp2 others(1): Show HG01243.hp2 HG02976.hp1 HG03579.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0003t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0003t0004	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0006g0309 a0001c0003t0004g0300 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0006g0309 a0001c0003t0004g0300	4	438	0.0091	-2	c.10 others(13): Show c.1045_*1046delTT	ADCY4	ENSG00000129467.14	transcript	ENST00000418030.7	protein_coding		989		chr14	TogoVar
ADCY4_chr14_24313359_24340071	24326025	CCA CCA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp2 others(253): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 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