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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81805730	TAA TAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG02074.hp2 others(9): Show HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG02074.hp2 HG02273.hp2 NA18962.hp1 NA18982.hp2 NA19011.hp2 NA19058.hp1 NA19070.hp1 NA19080.hp1 NA19088.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 others(5): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0128	a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0006g0143 a0001c0001t0008g0145 others(8): Show a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0006g0143 a0001c0001t0008g0145 a0001c0001t0009g0148 a0001c0001t0009g0150 a0001c0001t0013g0147 a0001c0001t0013g0149 a0001c0001t0050g0142 a0001c0001t0051g0144 a0001c0001t0051g0146 a0001c0001t0128g0141	12	306	0.0392	-2	c.-10 others(21): Show c.-101+4676_-101+4677delAA	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	1/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81822232	CAT CAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG01109.hp2 others(27): Show HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 NA18522.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0006c0010	a0001c0001t0005 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 others(21): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0024 a0001c0001t0040 a0001c0001t0047 a0001c0001t0055 a0001c0001t0056 a0001c0001t0068 a0001c0001t0083 a0001c0001t0085 a0001c0001t0118 a0001c0001t0140 a0001c0001t0141 a0001c0001t0144 a0001c0001t0151 a0001c0001t0152 a0001c0003t0007 a0001c0003t0027 a0001c0003t0058 a0001c0005t0084 a0001c0005t0139 a0006c0010t0020 a0006c0010t0086	a0001c0001t0005g0169 a0001c0001t0020g0188 a0001c0001t0020g0190 others(27): Show a0001c0001t0005g0169 a0001c0001t0020g0188 a0001c0001t0020g0190 a0001c0001t0021g0181 a0001c0001t0024g0160 a0001c0001t0040g0167 a0001c0001t0040g0168 a0001c0001t0047g0162 a0001c0001t0055g0098 a0001c0001t0056g0097 a0001c0001t0068g0096 a0001c0001t0083g0164 a0001c0001t0085g0189 a0001c0001t0118g0161 a0001c0001t0140g0166 a0001c0001t0141g0102 a0001c0001t0144g0101 a0001c0001t0151g0165 a0001c0001t0152g0178 a0001c0003t0007g0180 a0001c0003t0007g0182 a0001c0003t0007g0183 a0001c0003t0007g0184 a0001c0003t0007g0187 a0001c0003t0027g0185 a0001c0003t0058g0186 a0001c0005t0084g0163 a0001c0005t0139g0177 a0006c0010t0020g0192 a0006c0010t0086g0191	30	306	0.0980	-2	c.-10 others(23): Show c.-100-14652_-100-14651delAT	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	1/23			chr1	TogoVar
ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81824948	CCT CCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01168.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 others(16): Show HG01168.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01952.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG03139.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp1 NA18980.hp1 NA18980.hp2 NA18995.hp1 NA19011.hp1 NA19064.hp2 NA19077.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0003 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 others(11): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 a0001c0001t0028 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0064 a0001c0001t0066 a0001c0001t0067 a0001c0001t0068 a0001c0001t0080 a0001c0005t0084	a0001c0001t0003g0104 a0001c0001t0017g0001 a0001c0001t0019g0086 others(15): Show a0001c0001t0003g0104 a0001c0001t0017g0001 a0001c0001t0019g0086 a0001c0001t0028g0088 a0001c0001t0028g0089 a0001c0001t0033g0084 a0001c0001t0033g0085 a0001c0001t0036g0092 a0001c0001t0037g0245 a0001c0001t0037g0246 a0001c0001t0038g0081 a0001c0001t0038g0087 a0001c0001t0064g0090 a0001c0001t0066g0091 a0001c0001t0067g0093 a0001c0001t0068g0096 a0001c0001t0080g0082 a0001c0005t0084g0163	19	306	0.0621	-2	c.-10 others(23): Show c.-100-11904_-100-11903delCT	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	1/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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