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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADK_chr10_74146221_74714290	74493432	CTA CTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01884.hp1 others(14): Show HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02145.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02622.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 others(14): Show a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0198	17	200	0.0850	-2	c.556 others(21): Show c.556-31808_556-31807delAT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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ADK_chr10_74146221_74714290	74520593	TAA TAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02615.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp1 others(5): Show HG02615.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp1 HG02970.hp1 HG03239.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0020 others(5): Show a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0080 a0001c0002t0001g0127 a0001c0002t0001g0128 a0001c0002t0004g0101 a0001c0002t0004g0136	8	200	0.0400	-2	c.556 others(19): Show c.556-4653_556-4652delAA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74527372	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 others(10): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02723.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03239.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 others(10): Show a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0181 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0080 a0001c0002t0001g0127 a0001c0002t0001g0128 a0001c0002t0004g0101 a0001c0002t0004g0136	13	200	0.0650	-2	c.726 others(19): Show c.726+1958_726+1959delAA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	7/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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