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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADSL_chr22_40341500_40374367	40345612	CTA CTA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01891.hp2 HG02258.hp1 others(5): Show HG01243.hp1 HG01891.hp2 HG02258.hp1 HG02572.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG03209.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0015	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0061 others(3): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0008g0063 a0001c0001t0015g0093	8	302	0.0265	-2	c.-94 others(11): Show c.-946_-945delTA	ADSL	ENSG00000239900.14	transcript	ENST00000623063.3	protein_coding		887		chr22	TogoVar
ADSL_chr22_40341500_40374367	40346117	CTT CTT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 others(81): Show HG00280.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02071.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp1 HG02809.hp2 HG02896.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03579.hp1 HG03704.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18612.hp1 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18946.hp1 NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp2 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18960.hp2 NA18967.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA18972.hp2 NA18979.hp2 NA18984.hp1 NA18986.hp2 NA18994.hp1 NA19001.hp2 NA19006.hp2 NA19007.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp1 NA19062.hp1 NA19064.hp1 NA19067.hp1 NA19068.hp1 NA19070.hp1 NA19074.hp1 NA19076.hp2 NA19080.hp2 NA19083.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19087.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 others(40): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0126 a0001c0001t0002g0127 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0133 a0001c0001t0002g0135 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0140 a0001c0001t0002g0142 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0025 a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0005g0006 a0001c0001t0006g0001 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0007g0035 a0001c0001t0009g0148 a0001c0001t0010g0128	84	302	0.2782	-2	c.-44 others(11): Show c.-441_-440delTT	ADSL	ENSG00000239900.14	transcript	ENST00000623063.3	protein_coding		382		chr22	TogoVar
ADSL_chr22_40341500_40374367	40359476	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG02040.hp2 HG02129.hp2 others(5): Show HG01109.hp1 HG02040.hp2 HG02129.hp2 HG02602.hp2 HG03098.hp2 HG03579.hp1 NA19007.hp1 NA19062.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 others(2): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0003g0025	8	302	0.0265	-2	c.701 others(17): Show c.701+190_701+191delTT	ADSL	ENSG00000239900.14	transcript	ENST00000623063.3	protein_coding	6/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr22	TogoVar
ADSL_chr22_40341500_40374367	40372122	CTT CTT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01884.hp2 others(19): Show HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01884.hp2 HG01981.hp1 HG02109.hp1 HG02258.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG03209.hp2 HG03239.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18951.hp2 NA18953.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0017 others(14): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0127 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0150	22	302	0.0729	-2	c.56 others(13): Show c.5601_*5602delTT	ADSL	ENSG00000239900.14	transcript	ENST00000623063.3	protein_coding		2756		chr22	TogoVar
ADSS1_chr14_104719229_104752310	104730958	TGG TGG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG00733.hp2 HG01074.hp2 others(22): Show HG00639.hp2 HG00733.hp2 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG02280.hp2 HG02615.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 NA19007.hp1 NA19011.hp1 NA19063.hp1 NA19077.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0001c0002 a0007c0012 a0001c0001 a0001c0002 a0007c0012	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0007c0012t0001 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0007c0012t0001	a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0148 others(20): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0273 a0001c0002t0001g0235 a0001c0002t0001g0236 a0001c0002t0001g0244 a0001c0002t0001g0283 a0007c0012t0001g0156	25	402	0.0622	-2	c.193 others(19): Show c.193-4047_193-4046delGG	ADSS1	ENSG00000185100.12	transcript	ENST00000330877.7	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
ADSS1_chr14_104719229_104752310	104735541	CTG CTG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02132.hp2 HG02738.hp1 NA18952.hp2 others(3): Show HG02132.hp2 HG02738.hp1 NA18952.hp2 NA18962.hp2 NA18975.hp1 NA19010.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0002 a0001c0004t0001 a0001c0001t0002 a0001c0004t0001	a0001c0001t0002g0023 a0001c0004t0001g0284 a0001c0004t0001g0290 others(1): Show a0001c0001t0002g0023 a0001c0004t0001g0284 a0001c0004t0001g0290 a0001c0004t0001g0291	6	402	0.0149	-2	c.295 others(17): Show c.295+424_295+425delTG	ADSS1	ENSG00000185100.12	transcript	ENST00000330877.7	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
ADSS1_chr14_104719229_104752310	104736881	GAT GAT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18983.hp2 NA19012.hp2 NA19077.hp1 others(1): Show NA18983.hp2 NA19012.hp2 NA19077.hp1 NA19088.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0127 a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0127	4	402	0.0100	-2	c.296 others(19): Show c.296-1464_296-1463delAT	ADSS1	ENSG00000185100.12	transcript	ENST00000330877.7	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
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