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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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RPS6KA6_chrX_84053350_84193199	84191657	CATATATA others(315): Show CATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATA TATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATCCATA TATATATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATA TCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATA TATATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATATC CATATATATATATCCATATATATATATCCATATATATATATCCATATATA TATATCCATATATATATATGGAT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00423.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0096 a0001c0001t0004g0096	1	272	0.0037	-322	c.-40 others(11): Show c.-4080_-3759del	RPS6KA6	ENSG00000072133.12	transcript	ENST00000262752.5	protein_coding		3459		chrX	TogoVar
RPSA2_chr19_23758004_23833868	23803591	TAAAAAAA others(315): Show TAAAAAAAATCAGTGACAGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCA GCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGAC CATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAA TTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCT GAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGA GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTCCGTCTCA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 others(353): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 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GALNT9_chr12_132191372_132334589	132212589	CCTCAGAC others(314): Show CCTCAGACCTCGACACGGAAACCCCACCCGGGTCTAGCAGCCCTCAGACC TCGACACAGAAACCCCACCCGGGTCTGCAGCCCTCAGACCTCGACACGGA AACCCCACCCGGGTCTGCAGCCCTCAGACCTCGACACGGAAACCCCACCC GGGTCTGCAGCCCTCAGACCGTGACATGGAAACCCCACCCGGGTCTGCAG CCCTCAGACCGTGACACGGAAACCCCACCCGGGTCTGCAGCCCTCAGACC GTGACACGGAAACCCCACCCGGGTCTGCAGCCCTCAGACCTCGACACGGA AACCCCACCCGGGTCTGCAGCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01928.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 others(25): Show HG01928.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02080.hp2 HG02135.hp2 HG02165.hp2 HG03492.hp1 HG03942.hp1 NA18747.hp2 NA18945.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp2 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18971.hp1 NA19004.hp2 NA19009.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19012.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19063.hp2 NA19080.hp1 NA19085.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(3): Show a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0009 a0004c0024	a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0005t0001 others(3): Show a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0005t0001 a0001c0007t0001 a0001c0009t0002 a0004c0024t0001	a0001c0003t0001g0012 a0001c0003t0001g0014 a0001c0003t0001g0041 others(25): Show a0001c0003t0001g0012 a0001c0003t0001g0014 a0001c0003t0001g0041 a0001c0003t0001g0123 a0001c0003t0001g0128 a0001c0003t0001g0137 a0001c0003t0001g0162 a0001c0003t0001g0165 a0001c0003t0001g0166 a0001c0004t0001g0020 a0001c0004t0001g0056 a0001c0004t0001g0060 a0001c0004t0001g0076 a0001c0004t0001g0109 a0001c0004t0001g0112 a0001c0004t0001g0154 a0001c0004t0001g0157 a0001c0005t0001g0018 a0001c0005t0001g0026 a0001c0005t0001g0037 a0001c0007t0001g0015 a0001c0007t0001g0138 a0001c0009t0002g0168 a0001c0009t0002g0169 a0001c0009t0002g0174 a0001c0009t0002g0175 a0001c0009t0002g0177 a0004c0024t0001g0160	28	183	0.1530	-321	c.107 others(19): Show c.1078-9220_1078-8900del	GALNT9	ENSG00000182870.13	transcript	ENST00000328957.13	protein_coding	6/10			chr12	TogoVar
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