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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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LRP1B_chr2_140226423_142136016	141593429	TAAGAAGG others(318): Show TAAGAAGGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG GAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGC TAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGC GCAGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG AATGGCGTGAACCCGGGAAGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCA CTGCAGTCCGCAGTCTGGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01884.hp1 others(19): Show HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03225.hp1 HG03516.hp1 NA18522.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 others(19): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0010 a0001c0011 a0001c0012 a0001c0013 a0001c0014 a0001c0016 a0001c0017 a0001c0019 a0001c0022 a0001c0023 a0001c0024 a0001c0025 a0001c0026 a0001c0027 a0001c0028 a0002c0004 a0003c0021 a0005c0003	a0001c0001t0006 a0001c0002t0010 a0001c0007t0003 others(19): Show a0001c0001t0006 a0001c0002t0010 a0001c0007t0003 a0001c0008t0001 a0001c0010t0011 a0001c0011t0001 a0001c0012t0003 a0001c0013t0002 a0001c0014t0004 a0001c0016t0001 a0001c0017t0006 a0001c0019t0001 a0001c0022t0004 a0001c0023t0003 a0001c0024t0005 a0001c0025t0005 a0001c0026t0001 a0001c0027t0001 a0001c0028t0002 a0002c0004t0004 a0003c0021t0001 a0005c0003t0002	a0001c0001t0006g0024 a0001c0002t0010g0022 a0001c0007t0003g0003 others(19): Show a0001c0001t0006g0024 a0001c0002t0010g0022 a0001c0007t0003g0003 a0001c0008t0001g0008 a0001c0010t0011g0028 a0001c0011t0001g0014 a0001c0012t0003g0005 a0001c0013t0002g0012 a0001c0014t0004g0002 a0001c0016t0001g0011 a0001c0017t0006g0015 a0001c0019t0001g0016 a0001c0022t0004g0004 a0001c0023t0003g0001 a0001c0024t0005g0009 a0001c0025t0005g0018 a0001c0026t0001g0025 a0001c0027t0001g0021 a0001c0028t0002g0020 a0002c0004t0004g0006 a0003c0021t0001g0026 a0005c0003t0002g0027	22	28	0.7857	-325	c.206 others(21): Show c.206-113221_206-112897del	LRP1B	ENSG00000168702.18	transcript	ENST00000389484.8	protein_coding	2/90			chr2	TogoVar
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