Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GPR137B_chr1_236137539_236213907	236199573	TTGTTATG others(3170): Show TTGTTATGTTCAGTTTCTATTTCTTCCTAATTTAATCTAGGAGGGTTGTA TATTTTGATTTTCTAGTTTCTGTAAAGGTGTTCGTAGTAACCTTGAATGA TCTTTTGTATTTCTGTGGTATCGGTTGTAATATCTCCCATTTTGTTTCTA ATTGAGCTTATTTGGATCTTCTGTCTTCTTGGTTAATCTCACTAATGGTC TATCAATTTTGTTTATCTTTTCAAAGAATCAGCTTTTTGTTTCATTTATC TTTTGTATTGCCTTTTTGTTTCAATTTCATTAGTTCTGCTCTGATCTTTG TTATTTCTTTTCTTCTGCTGGGTTTGGGTTTGGTTTGTTCTTGTTTCTCT AATTCCTTGAGGTAGGACCTTAGATTTTCTATTTGTGCTCTTCCAGACTT TTTTGATGTAGGAATTTAATGCTGTCAACTTTCCTCTCAGCCCCACTTTT GCTGTGCCTCAGAGGTTTGGGTAAGTTGTGTCATTATTATCATTCAGTTC TAAGAATTTAATTTCCATCTTGATTTCATTGTTGACCCAAAGATCATTCA GGAGCACATTAATTTCCATGCATTTATATAGTTTTGAGGGTTCCTTTTGG AGTTAATCTCCAATTTTATATTCCACTGTGGTCTGAGAGAGTACTTGATA TAATCTCAATTTTCTTAAATTGATTTAGACTCATTTCATAGCCTATCATA TGGTCTATCTTGGAGAATGTTCTATGTGCCAATGAAAAGAATGTATATTC TGCAGTTGTTGGGTAGAATGTTCTGTAAGTATCTGTTAAGTCCGTTTGTT CTAGGGTATAATTTAAGTCCATTGTTTCTTTGTTAACTTTCTGTCTTGAT GGCTTGTCTAGTGCTGTCAGTGGAGTACTGAAGTACCCCACTATGGTGTT GCTATCTCATTTCTTAATGTCTAATAATAATTGTTTTATAAATTTGGGGG CTCCCATATTAGGTGCATATATATTTAGGATTGTGATATTTTCCTGTTGG ACTGATCCTTTTATTAATAAATAATGTCTCTCTTTGTCTTAACTGTTGAT GCTTTAAAGTCTATTTTGTCTGATAAAAGAATAGCTACTCCTGCTTACTT TTTGTTTTCATTTGCATGGAATATCTTTTTCCACCCCTTTACCTTAAGTT TATGTGAGTACTTATGCATTAGTTGAGTCTCTTGAAGACAGCAGATACTT GATTTGTGGATTTTTACCTAGTCTGCCATTCTGTATCTTTTAAATGGAGC ATTTAGGCCATTTACACCCAACATTAGTATTGAGATGTGAGACTGTTTTA TTCATCATGCCAGTTGTTGCCTGAATACTTTTTTTTTTCATTGTTTTATA GGCCTGGTGAGATTTATGCTTTAAGGAGGTTCTATTCTGGTGTATTTTGA GGTTTTGTTTCAAGAATTAGAACTCCTTTTAGCATTTCTTGTAGTGCTGG CTTGGTAGTGGCAAATTCTTAGCATTTGGTTGTCTGAAGACTTTGTATCT TTTCCTTCATTTATGAAGCTTTGTTTTGCTGGATACAGAATTCTTGGCTG ACAATTATTTTGTTTGAAGAGGCTAAAGATAGGACCCCAATCCCTTCTGG CTTATAGGGTTTCTCCTGAGAAATCTGCTGTTAAACAGCTTTTAAAATTC TTTCCTTTGTCTTGACTTTAGATAACCTGACTGTGCCTGATCATCTTTTT GCAATTATTTTCCCAGGTGTTCTTTGAGCTTCTTGTATTTGGATGTCTAG ATCTCTAGTGAGGCCAGGGAAGTTTTCCTTGATTATTCCCTCAAATATGT TTTCCAAACTTTAGATTTCTCTTCATCTTCAGGAACACCAATTATTATGT TTGGCCATTTGACATAATCACAAATTTATTGGAGGCTCTGTTCATTTTGT AAATTCTTTTTTGTCTTTGTGGATTGGGTAATTGCCTTGTCTTCAAGTTC TGAAGTCCTTTCTTTTCTACTTGATTCTATTGTTGAAACTTTACAGTGAA TTTTTTATCCTCCAAGTGCGTCTTTCATTTCCAGAAGTTGTGACAGTTTT TTATTATATCTGTTTCTCTGGAGACATTTTCATCCATATCTGTATTTTAA AAAAGAGTACTTAAGTTGGTTTTCACCTTTCTCTGGTATCTCTTTGAGTA GCTTAATAATCAACCTTCTTAATTATTTATCTGGCAATTCAGGTATTTCT TCTTGGTTTGGATCCATTGCTGGAGAGCTGGCATGAGCCTTGTTATAGAA CCTTGTTTTGTCATATTACCAGAACTGCTTTTCTGATTCCTTCTCATGTG GGTAGACTATTTCACTGGAAAAATCTGGAACTCAAAGCTGCTGGTCAGAT TCTTTTGTCTGGGTGGTTCCTTGATGTGGGTTGCTTCCCCTTCTCCTAGT GATGGGGCTTCCTGTGAGCCAGACTGCAGTGATTGTTATTGCTCTTCTTG GTCTAGTCACCCAGCAGGGCTACCGGGCTTTGGACTGGTGCTGGGGAATG TCTGCAAAGAGTCCTGTGATGCAATTCATCTTCAGATCTCCCAGCTATAG ATACCAGCACCTGCTCCTGTGGAGGTGGCAGGGGATTGAAGTAGACTCTG TGAAAGACCTTGGTTGTAAGTATGTTTAGTATGCTGGCTTTCTTAAGTGC TTTATGCTAGCAATGAAGTTGCCACCATGGACAGACTCAGGACCACTGTT TAGCCAGGATGTTGGAGGCAGTAGAATTAGCTGTTGTTTTCTCCTTCCTT GGAGCAGGGGATCTGTCATGAGTTGCTGTAATGTCCTGAGGTGGTTGGCC TCCAGCCAGGAGGTGGCACTTTCAAGAGAGCACCAGAGTTTTTCACCTGT CTCTCAGAATTTGCAGTGGCCTGCCGCTTCTTTCCAAGTGTCTGTGAATT CCTTCAGTTTTCCTGGTATGCTCCTGTGGTGGTTCCTGGAGCAAAAGTCC ATGGTGTGACTCTCCACACACTGTTCTGTCTGTCCAAGTGGGAGCTGCAT GTAAGCCCTATCTCCTATCCACCATCTTCCCCTCAAAGTATTTATATGTA AATAGAATAGATGAACAGAATCTAGATCCAGATGCAAATCTGAAATCCAT TCCCTGCCTGTTGAACTTTCACTTCTTCAGGAAACAAATTCTCTGCTCTT TAGCCCCAAACCTCTGCCATGATGGCAG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02055.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0002g0116	2	386	0.0052	-3177	c.967 others(17): Show c.967-5550_967-2374del	GPR137B	ENSG00000077585.14	transcript	ENST00000366592.8	protein_coding	5/6			INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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