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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARK2N_chr18_46169034_46271992	46195559	CTTT CTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 others(7): Show HG00642.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp2 HG02976.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0002c0002t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0002c0002t0001	a0001c0001t0007g0317 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0275 others(7): Show a0001c0001t0007g0317 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0275 a0002c0002t0001g0051 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0001g0217 a0002c0002t0001g0218 a0002c0002t0001g0251 a0002c0002t0001g0293 a0002c0002t0001g0312	10	320	0.0313	-3	c.-70 others(22): Show c.-70-20219_-70-20217delTTT		ARK2N	ENSG00000152242.11	transcript	ENST00000615052.5	protein_coding	1/4					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
ARK2N_chr18_46169034_46271992	46199482	ATTT ATTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01993.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp2 others(18): Show HG01993.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG03491.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18941.hp1 NA18947.hp2 NA18973.hp2 NA18984.hp2 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19002.hp1 NA19012.hp1 NA19074.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0003 a0001c0001 a0003c0003	a0001c0001t0004 a0001c0001t0013 a0001c0001t0027 others(1): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0013 a0001c0001t0027 a0003c0003t0013	a0001c0001t0004g0028 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0030 others(18): Show a0001c0001t0004g0028 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0030 a0001c0001t0004g0031 a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0035 a0001c0001t0004g0036 a0001c0001t0004g0037 a0001c0001t0004g0038 a0001c0001t0004g0039 a0001c0001t0004g0040 a0001c0001t0004g0041 a0001c0001t0004g0042 a0001c0001t0004g0044 a0001c0001t0013g0004 a0001c0001t0027g0043 a0003c0003t0013g0010 a0003c0003t0013g0011 a0003c0003t0013g0012	21	320	0.0656	-3	c.-70 others(22): Show c.-70-16307_-70-16305delTTT		ARK2N	ENSG00000152242.11	transcript	ENST00000615052.5	protein_coding	1/4					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
ARK2N_chr18_46169034_46271992	46211495	TAGA TAGA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG03540.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0057 a0001c0001t0009g0058 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0057 a0001c0001t0009g0058	3	320	0.0094	-3	c.-70 others(20): Show c.-70-4313_-70-4311delAAG		ARK2N	ENSG00000152242.11	transcript	ENST00000615052.5	protein_coding	1/4					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
ARK2N_chr18_46169034_46271992	46231566	CTTT CTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 others(165): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00558.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 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