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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ASMT_chrX_1610059_1648081	1614372	ACAC ACAC	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG01081.hp2 others(42): Show HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG01081.hp2 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01361.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02080.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02523.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp2 HG03239.hp1 HG03831.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp2 NA18942.hp1 NA18947.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18954.hp2 NA18956.hp1 NA18963.hp1 NA18980.hp2 NA19064.hp2 NA19074.hp2 NA19077.hp1 NA19077.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp2 NA19085.hp1 NA19091.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0003 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0007 a0013	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 others(3): Show a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0003c0005 a0007c0012 a0013c0017	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0003t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0003c0005t0001 a0007c0012t0001 a0013c0017t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 others(42): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0003g0090 a0001c0003t0001g0013 a0001c0003t0001g0023 a0001c0003t0001g0062 a0001c0003t0001g0091 a0001c0003t0001g0107 a0001c0003t0001g0113 a0001c0003t0001g0219 a0002c0002t0001g0015 a0002c0002t0001g0018 a0002c0002t0001g0026 a0002c0002t0001g0055 a0002c0002t0001g0057 a0002c0002t0001g0085 a0002c0002t0001g0095 a0002c0002t0001g0099 a0002c0002t0001g0108 a0002c0002t0001g0129 a0002c0002t0001g0130 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0220 a0002c0002t0002g0166 a0003c0005t0001g0004 a0007c0012t0001g0109 a0013c0017t0001g0111	45	223	0.2018	-3	c.-82 others(12): Show c.-827_-825delCAC	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding		686		chrX	TogoVar
ASMT_chrX_1610059_1648081	1619549	TATA TATA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 others(39): Show HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01884.hp2 HG02004.hp1 HG02080.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02273.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02615.hp2 HG02723.hp2 HG02896.hp2 HG03195.hp2 HG03239.hp1 HG03491.hp2 HG04184.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18949.hp1 NA18954.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18998.hp1 NA19003.hp1 NA19010.hp2 NA19057.hp2 NA19062.hp1 NA19077.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp1 NA19240.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0003t0001 a0001c0003t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0049 others(38): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0135 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0005g0165 a0001c0003t0001g0023 a0001c0003t0001g0059 a0001c0003t0001g0070 a0001c0003t0001g0094 a0001c0003t0001g0171 a0001c0003t0002g0149 a0001c0003t0002g0150 a0002c0002t0001g0015 a0002c0002t0001g0031 a0002c0002t0001g0052 a0002c0002t0001g0057 a0002c0002t0001g0073 a0002c0002t0001g0095 a0002c0002t0001g0099 a0002c0002t0001g0108 a0002c0002t0001g0119 a0002c0002t0001g0124 a0002c0002t0001g0129 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0222 a0002c0002t0002g0096 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0156 a0002c0002t0002g0166 a0002c0002t0002g0186	42	223	0.1883	-3	c.70- others(18): Show c.70-3552_70-3550delTAA	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding	1/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ASMT_chrX_1610059_1648081	1625954	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02559.hp2 NA18988.hp1 HG02559.hp2 NA18988.hp1	a0006 a0014 a0006 a0014	a0006c0011 a0014c0018 a0006c0011 a0014c0018	a0006c0011t0001 a0014c0018t0001 a0006c0011t0001 a0014c0018t0001	a0006c0011t0001g0139 a0014c0018t0001g0060 a0006c0011t0001g0139 a0014c0018t0001g0060	2	223	0.0090	-3	c.374 others(20): Show c.374+1573_374+1575delAAA	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding	3/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ASMT_chrX_1610059_1648081	1638527	TGGC TGGC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp2 HG02257.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0083	1	223	0.0045	-3	c.910 others(20): Show c.910+1968_910+1970delGGC	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding	8/8			chrX	TogoVar
ASMT_chrX_1610059_1648081	1644219	TTTA TTTA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 others(9): Show HG00741.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02630.hp2 HG02809.hp1 HG03195.hp1 HG03453.hp1 HG03516.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA20300.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 others(9): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0002g0145 a0001c0003t0001g0070 a0001c0003t0001g0171 a0002c0002t0001g0002 a0002c0002t0002g0160	12	223	0.0538	-3	c.12 others(14): Show c.1206_*1208delTTA	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding		1139		chrX	TogoVar
ASMT_chrX_1610059_1648081	1644446	ATGT ATGT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02922.hp1 NA19030.hp1 HG02922.hp1 NA19030.hp1	a0003 a0005 a0003 a0005	a0003c0005 a0005c0016 a0003c0005 a0005c0016	a0003c0005t0001 a0005c0016t0001 a0003c0005t0001 a0005c0016t0001	a0003c0005t0001g0202 a0005c0016t0001g0045 a0003c0005t0001g0202 a0005c0016t0001g0045	2	223	0.0090	-3	c.14 others(14): Show c.1433_*1435delTGT	ASMT	ENSG00000196433.13	transcript	ENST00000381241.9	protein_coding		1366		chrX	TogoVar
ASNS_chr7_97846677_97877408	97847356	GAAA GAAA	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02486.hp2 HG02630.hp1 others(11): Show HG01884.hp1 HG02486.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03516.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0057 a0001c0001t0005g0073 others(8): Show a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0057 a0001c0001t0005g0073 a0001c0001t0005g0076 a0001c0001t0005g0077 a0001c0001t0005g0178 a0001c0001t0005g0179 a0001c0001t0005g0211 a0001c0001t0005g0213 a0001c0001t0005g0216 a0001c0001t0005g0221	14	436	0.0321	-3	c.49 others(14): Show c.4900_*4902delTTT	ASNS	ENSG00000070669.17	transcript	ENST00000394308.8	protein_coding		4320		chr7	TogoVar
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ASPA_chr17_3470997_3508405	3502065	CTTG CTTG	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18960.hp1 NA18988.hp2 NA19010.hp1 others(2): Show NA18960.hp1 NA18988.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp2 NA19057.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0008 a0001c0001t0010g0209 others(2): Show a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0008 a0001c0001t0010g0209 a0001c0001t0010g0258 a0001c0001t0010g0338	5	450	0.0111	-3	c.29 others(14): Show c.2983_*2985delGTT	ASPA	ENSG00000108381.11	transcript	ENST00000263080.3	protein_coding	6/6	2983	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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