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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ASTN2_chr9_116418112_117420057	117066016	CTTT CTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00735.hp1 HG02922.hp2 others(6): Show HG00099.hp1 HG00735.hp1 HG02922.hp2 HG03017.hp2 HG03209.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp2 NA19011.hp2 NA19066.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0012 a0001c0022 a0001c0023	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 a0001c0003t0014 a0001c0007t0001 a0001c0012t0001 a0001c0022t0001 a0001c0023t0002	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0003g0063 others(6): Show a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0003g0063 a0001c0002t0002g0059 a0001c0003t0014g0083 a0001c0007t0001g0011 a0001c0012t0001g0098 a0001c0022t0001g0020 a0001c0023t0002g0069	9	102	0.0882	-3	c.127 others(24): Show c.1277-26054_1277-26052delAAA	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	5/22			chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117095537	AAGT AAGT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02615.hp1 HG02965.hp1 HG03540.hp1 others(1): Show HG02615.hp1 HG02965.hp1 HG03540.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0007 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0007 a0001c0003t0014	a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0002g0018 a0001c0003t0007g0071 others(1): Show a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0002g0018 a0001c0003t0007g0071 a0001c0003t0014g0083	4	102	0.0392	-3	c.127 others(20): Show c.1276+504_1276+506delACT	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	5/22			chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117125824	TGCG TGCG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp1 HG02109.hp2 HG03209.hp1 HG01261.hp1 HG02109.hp2 HG03209.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0007	a0001c0003t0012 a0001c0005t0005 a0001c0007t0001 a0001c0003t0012 a0001c0005t0005 a0001c0007t0001	a0001c0003t0012g0001 a0001c0005t0005g0076 a0001c0007t0001g0010 a0001c0003t0012g0001 a0001c0005t0005g0076 a0001c0007t0001g0010	3	102	0.0294	-3	c.116 others(24): Show c.1168+15499_1168+15501delCGC	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	4/22			chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117144660	GTTT GTTT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01934.hp2 HG02922.hp2 HG03540.hp2 others(1): Show HG01934.hp2 HG02922.hp2 HG03540.hp2 NA19066.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0002t0004 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0002t0004 a0001c0009t0004	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0005g0096 a0001c0002t0004g0029 others(1): Show a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0005g0096 a0001c0002t0004g0029 a0001c0009t0004g0032	4	102	0.0392	-3	c.101 others(22): Show c.1016-3185_1016-3183delAAA	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	3/22			chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117185402	TATG TATG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG01099.hp1 HG01169.hp2 others(18): Show HG00639.hp2 HG01099.hp1 HG01169.hp2 HG01258.hp2 HG01515.hp1 HG01884.hp2 HG02004.hp2 HG02109.hp1 HG02559.hp1 HG02809.hp2 HG02896.hp2 HG04199.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA19010.hp2 NA19012.hp1 NA19043.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA20129.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0005 a0006 a0001 a0005 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(10): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0009 a0001c0010 a0001c0012 a0001c0017 a0001c0022 a0001c0025 a0005c0015 a0006c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0001 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0003t0001 a0001c0003t0006 a0001c0003t0007 a0001c0005t0005 a0001c0006t0002 a0001c0009t0004 a0001c0010t0004 a0001c0012t0001 a0001c0017t0002 a0001c0022t0001 a0001c0025t0001 a0005c0015t0003 a0006c0020t0001	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0007g0087 a0001c0002t0001g0057 others(18): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0007g0087 a0001c0002t0001g0057 a0001c0002t0001g0058 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0004g0043 a0001c0002t0004g0092 a0001c0003t0001g0038 a0001c0003t0006g0017 a0001c0003t0007g0074 a0001c0005t0005g0007 a0001c0005t0005g0048 a0001c0006t0002g0012 a0001c0009t0004g0032 a0001c0010t0004g0009 a0001c0012t0001g0098 a0001c0017t0002g0089 a0001c0022t0001g0020 a0001c0025t0001g0080 a0005c0015t0003g0019 a0006c0020t0001g0039	21	102	0.2059	-3	c.101 others(24): Show c.1015+28953_1015+28955delCAT	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	3/22			chr9	TogoVar
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