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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25630344	CAGG CAGG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03195.hp1 NA18522.hp2 HG03195.hp1 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0070 a0001c0002t0001 a0001c0002t0070	a0001c0002t0001g0069 a0001c0002t0070g0068 a0001c0002t0001g0069 a0001c0002t0070g0068	2	122	0.0164	-3	c.221 others(24): Show c.2211+40648_2211+40650delGAG	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	24/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25637092	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp1 others(21): Show HG00642.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01243.hp1 HG01496.hp2 HG02055.hp2 HG02280.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp2 HG02965.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp2 HG06807.hp1 NA18906.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0009 a0001c0015	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 others(20): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0016 a0001c0001t0025 a0001c0001t0030 a0001c0001t0048 a0001c0001t0053 a0001c0001t0064 a0001c0001t0072 a0001c0002t0003 a0001c0002t0031 a0001c0002t0047 a0001c0002t0058 a0001c0003t0008 a0001c0004t0002 a0001c0004t0003 a0001c0004t0004 a0001c0004t0022 a0001c0004t0049 a0001c0004t0068 a0001c0009t0038 a0001c0015t0008	a0001c0001t0003g0093 a0001c0001t0005g0102 a0001c0001t0010g0100 others(21): Show a0001c0001t0003g0093 a0001c0001t0005g0102 a0001c0001t0010g0100 a0001c0001t0016g0104 a0001c0001t0025g0009 a0001c0001t0030g0087 a0001c0001t0048g0122 a0001c0001t0053g0114 a0001c0001t0064g0072 a0001c0001t0072g0027 a0001c0002t0003g0120 a0001c0002t0031g0058 a0001c0002t0047g0076 a0001c0002t0058g0101 a0001c0003t0008g0010 a0001c0004t0002g0049 a0001c0004t0002g0080 a0001c0004t0003g0007 a0001c0004t0004g0048 a0001c0004t0022g0054 a0001c0004t0049g0086 a0001c0004t0068g0071 a0001c0009t0038g0112 a0001c0015t0008g0015	24	122	0.1967	-3	c.221 others(24): Show c.2211+47420_2211+47422delAAA	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	24/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25657052	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 others(52): Show HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01175.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02895.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03540.hp1 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18952.hp2 NA18977.hp2 NA18986.hp1 NA19004.hp2 NA19043.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(8): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0010 a0001c0012 a0001c0017 a0001c0019 a0001c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(45): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 a0001c0001t0040 a0001c0001t0050 a0001c0001t0054 a0001c0001t0066 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0009 a0001c0002t0010 a0001c0002t0023 a0001c0002t0029 a0001c0002t0047 a0001c0002t0063 a0001c0002t0070 a0001c0002t0071 a0001c0003t0006 a0001c0003t0008 a0001c0003t0014 a0001c0003t0027 a0001c0003t0052 a0001c0003t0060 a0001c0003t0061 a0001c0003t0069 a0001c0004t0002 a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0049 a0001c0005t0021 a0001c0006t0043 a0001c0010t0012 a0001c0010t0056 a0001c0012t0002 a0001c0017t0036 a0001c0019t0007 a0001c0020t0019	a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0004g0040 others(52): Show a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0004g0040 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0008g0073 a0001c0001t0009g0065 a0001c0001t0010g0100 a0001c0001t0015g0016 a0001c0001t0015g0082 a0001c0001t0017g0051 a0001c0001t0018g0041 a0001c0001t0024g0003 a0001c0001t0026g0090 a0001c0001t0035g0043 a0001c0001t0040g0038 a0001c0001t0050g0025 a0001c0001t0054g0103 a0001c0001t0066g0092 a0001c0002t0001g0031 a0001c0002t0001g0035 a0001c0002t0001g0039 a0001c0002t0001g0083 a0001c0002t0003g0088 a0001c0002t0003g0120 a0001c0002t0004g0056 a0001c0002t0005g0034 a0001c0002t0009g0042 a0001c0002t0010g0118 a0001c0002t0023g0013 a0001c0002t0029g0052 a0001c0002t0047g0076 a0001c0002t0063g0050 a0001c0002t0070g0068 a0001c0002t0071g0096 a0001c0003t0006g0078 a0001c0003t0008g0010 a0001c0003t0014g0084 a0001c0003t0027g0047 a0001c0003t0052g0113 a0001c0003t0060g0115 a0001c0003t0061g0055 a0001c0003t0069g0012 a0001c0004t0002g0049 a0001c0004t0002g0080 a0001c0004t0004g0048 a0001c0004t0005g0089 a0001c0004t0049g0086 a0001c0005t0021g0030 a0001c0006t0043g0095 a0001c0010t0012g0091 a0001c0010t0056g0006 a0001c0012t0002g0110 a0001c0017t0036g0019 a0001c0019t0007g0029 a0001c0020t0019g0067	55	122	0.4508	-3	c.221 others(24): Show c.2212-42094_2212-42092delAAA	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	24/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
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