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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BCAS3_chr17_60672851_61397831	61206801	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG01952.hp2 HG02451.hp2 others(18): Show HG01099.hp1 HG01952.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02818.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 others(4): Show a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 a0002c0006 a0003c0001 a0004c0009	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 others(6): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0002c0003t0001 a0002c0005t0001 a0002c0006t0002 a0003c0001t0001 a0004c0009t0001	a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0060 others(18): Show a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0060 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0057 a0001c0002t0002g0064 a0001c0002t0002g0069 a0001c0002t0002g0070 a0001c0004t0001g0034 a0001c0004t0001g0043 a0001c0004t0001g0045 a0001c0004t0002g0044 a0002c0003t0001g0015 a0002c0003t0001g0016 a0002c0003t0001g0037 a0002c0005t0001g0073 a0002c0006t0002g0030 a0003c0001t0001g0005 a0003c0001t0001g0007 a0004c0009t0001g0055	21	74	0.2838	-3	c.242 others(26): Show c.2425+122263_2425+122265delAAA	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61213512	CTTA CTTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02818.hp2 NA21309.hp2 HG02451.hp2 HG02818.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0002c0005 a0003c0001 a0001c0002 a0002c0005 a0003c0001	a0001c0002t0002 a0002c0005t0001 a0003c0001t0001 a0001c0002t0002 a0002c0005t0001 a0003c0001t0001	a0001c0002t0002g0070 a0002c0005t0001g0014 a0003c0001t0001g0007 a0001c0002t0002g0070 a0002c0005t0001g0014 a0003c0001t0001g0007	3	74	0.0405	-3	c.242 others(26): Show c.2425+128954_2425+128956delATT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61232069	ATGG ATGG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG02486.hp1 HG02615.hp1 others(10): Show HG01099.hp1 HG02486.hp1 HG02615.hp1 HG02886.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG03130.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 NA19043.hp2 NA19240.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0002 a0001c0004 a0001c0008 others(2): Show a0001c0002 a0001c0004 a0001c0008 a0002c0003 a0002c0005	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 others(5): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0001c0008t0002 a0002c0003t0001 a0002c0003t0002 a0002c0005t0001	a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0060 a0001c0002t0002g0053 others(10): Show a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0060 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0064 a0001c0004t0001g0034 a0001c0004t0001g0058 a0001c0004t0002g0044 a0001c0008t0002g0062 a0002c0003t0001g0037 a0002c0003t0002g0039 a0002c0005t0001g0051 a0002c0005t0001g0073	13	74	0.1757	-3	c.242 others(26): Show c.2426-136254_2426-136252delTGG	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61234783	GAAA GAAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp2 HG01256.hp1 HG01952.hp1 others(13): Show HG01099.hp2 HG01256.hp1 HG01952.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02145.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 others(3): Show a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 a0003c0001 a0003c0010	a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001 others(6): Show a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001 a0002c0003t0002 a0002c0003t0003 a0002c0005t0001 a0003c0001t0001 a0003c0001t0002 a0003c0010t0002	a0001c0002t0001g0059 a0001c0004t0001g0043 a0002c0003t0001g0040 others(13): Show a0001c0002t0001g0059 a0001c0004t0001g0043 a0002c0003t0001g0040 a0002c0003t0002g0039 a0002c0003t0003g0013 a0002c0005t0001g0019 a0003c0001t0001g0003 a0003c0001t0001g0006 a0003c0001t0001g0007 a0003c0001t0001g0008 a0003c0001t0001g0009 a0003c0001t0001g0011 a0003c0001t0001g0012 a0003c0001t0001g0026 a0003c0001t0002g0032 a0003c0010t0002g0023	16	74	0.2162	-3	c.242 others(26): Show c.2426-133525_2426-133523delAAA	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61267617	ATCC ATCC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp1 others(3): Show HG01952.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 NA18951.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 others(1): Show a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0003c0001	a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 others(2): Show a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0002c0003t0001 a0003c0001t0001	a0001c0002t0002g0057 a0001c0004t0001g0058 a0001c0004t0002g0035 others(3): Show a0001c0002t0002g0057 a0001c0004t0001g0058 a0001c0004t0002g0035 a0002c0003t0001g0040 a0003c0001t0001g0025 a0003c0001t0001g0026	6	74	0.0811	-3	c.242 others(26): Show c.2426-100705_2426-100703delCCT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61270112	ATTT ATTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG02559.hp2 HG02809.hp1 others(6): Show HG01099.hp1 HG02559.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG03098.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0002c0003 a0002c0005 others(2): Show a0001c0002 a0002c0003 a0002c0005 a0002c0006 a0003c0001	a0001c0002t0002 a0002c0003t0003 a0002c0005t0001 others(3): Show a0001c0002t0002 a0002c0003t0003 a0002c0005t0001 a0002c0006t0002 a0003c0001t0001 a0003c0001t0002	a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0069 a0002c0003t0003g0013 others(6): Show a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0069 a0002c0003t0003g0013 a0002c0005t0001g0019 a0002c0006t0002g0030 a0003c0001t0001g0021 a0003c0001t0001g0026 a0003c0001t0002g0022 a0003c0001t0002g0029	9	74	0.1216	-3	c.242 others(24): Show c.2426-98192_2426-98190delTTT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61272636	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02615.hp2 HG02818.hp2 HG03041.hp1 others(1): Show HG02615.hp2 HG02818.hp2 HG03041.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 others(1): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001	a0001c0002t0001g0071 a0001c0002t0002g0070 a0001c0004t0001g0045 others(1): Show a0001c0002t0001g0071 a0001c0002t0002g0070 a0001c0004t0001g0045 a0002c0003t0001g0052	4	74	0.0541	-3	c.242 others(24): Show c.2426-95662_2426-95660delAAA	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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