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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BICC1_chr10_58507872_58836435	58638841	TTTC TTTC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 HG00621.hp2 HG00735.hp2 others(35): Show HG00558.hp1 HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01243.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp2 HG01515.hp1 HG02040.hp2 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02155.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02717.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03098.hp1 HG03209.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG04204.hp2 NA18747.hp1 NA18961.hp2 NA18965.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp1 NA19060.hp1 NA19240.hp2 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0003 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0005 a0007	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003 others(3): Show a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003 a0003c0004 a0005c0009 a0007c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(19): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0028 a0001c0001t0049 a0002c0002t0004 a0002c0002t0005 a0002c0002t0006 a0002c0002t0008 a0002c0002t0009 a0002c0002t0010 a0002c0002t0018 a0002c0002t0020 a0002c0002t0052 a0002c0003t0026 a0002c0003t0032 a0003c0004t0014 a0005c0009t0031 a0007c0011t0005	a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 others(35): Show a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0003g0019 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0003g0063 a0001c0001t0006g0085 a0001c0001t0007g0071 a0001c0001t0007g0080 a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0007g0106 a0001c0001t0011g0070 a0001c0001t0011g0077 a0001c0001t0028g0048 a0001c0001t0049g0076 a0002c0002t0004g0015 a0002c0002t0004g0038 a0002c0002t0005g0028 a0002c0002t0005g0030 a0002c0002t0006g0078 a0002c0002t0008g0050 a0002c0002t0009g0119 a0002c0002t0010g0074 a0002c0002t0018g0131 a0002c0002t0020g0088 a0002c0002t0052g0084 a0002c0003t0026g0047 a0002c0003t0032g0049 a0003c0004t0014g0066 a0003c0004t0014g0067 a0005c0009t0031g0012 a0007c0011t0005g0040	38	132	0.2879	-3	c.237 others(22): Show c.237+17943_237+17945delCTT	BICC1	ENSG00000122870.12	transcript	ENST00000373886.8	protein_coding	2/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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