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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BMPR2_chr2_202371327_202572749	202434879	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02809.hp1 HG02965.hp1 others(3): Show HG02258.hp1 HG02809.hp1 HG02965.hp1 HG03471.hp2 NA18522.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0202 a0001c0001t0008g0203 a0001c0001t0008g0204 others(3): Show a0001c0001t0008g0202 a0001c0001t0008g0203 a0001c0001t0008g0204 a0001c0001t0008g0205 a0001c0001t0008g0206 a0001c0001t0008g0207	6	224	0.0268	-3	c.77- others(20): Show c.77-29902_77-29900delAAA	BMPR2	ENSG00000204217.16	transcript	ENST00000374580.10	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
BMPR2_chr2_202371327_202572749	202456063	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 others(27): Show HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00735.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01515.hp1 HG02027.hp2 HG02056.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02155.hp2 HG02486.hp2 HG02622.hp2 HG02698.hp2 HG02809.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp1 HG03471.hp2 HG03942.hp2 HG04228.hp1 NA18941.hp2 NA18966.hp1 NA18970.hp2 NA19062.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0004c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0016 a0001c0001t0026 a0001c0001t0033 a0001c0001t0034 a0001c0002t0002 a0001c0002t0018 a0001c0002t0051 a0002c0003t0001 a0004c0007t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0091 others(27): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0007g0166 a0001c0001t0008g0204 a0001c0001t0008g0205 a0001c0001t0009g0215 a0001c0001t0009g0219 a0001c0001t0009g0221 a0001c0001t0016g0173 a0001c0001t0026g0106 a0001c0001t0033g0199 a0001c0001t0034g0216 a0001c0002t0002g0005 a0001c0002t0018g0080 a0001c0002t0051g0057 a0002c0003t0001g0006 a0004c0007t0001g0112	30	224	0.1339	-3	c.77- others(18): Show c.77-8709_77-8707delAAA	BMPR2	ENSG00000204217.16	transcript	ENST00000374580.10	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
BMPR2_chr2_202371327_202572749	202458283	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01261.hp2 HG01496.hp1 others(13): Show HG00642.hp2 HG01261.hp2 HG01496.hp1 HG02109.hp1 HG02258.hp1 HG02451.hp2 HG02683.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02896.hp2 HG03017.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 others(5): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0023 a0001c0001t0039 a0001c0001t0047	a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0089 a0001c0001t0004g0118 others(13): Show a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0089 a0001c0001t0004g0118 a0001c0001t0004g0119 a0001c0001t0004g0212 a0001c0001t0005g0141 a0001c0001t0005g0224 a0001c0001t0008g0204 a0001c0001t0008g0206 a0001c0001t0008g0207 a0001c0001t0010g0037 a0001c0001t0011g0043 a0001c0001t0011g0083 a0001c0001t0023g0038 a0001c0001t0039g0137 a0001c0001t0047g0133	16	224	0.0714	-3	c.77- others(18): Show c.77-6503_77-6501delAAA	BMPR2	ENSG00000204217.16	transcript	ENST00000374580.10	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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