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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	distance	status	chr	external
BTBD19_chr1_44803523_44820585	44809938	TCTC TCTC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00639.hp1 others(126): Show HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01081.hp1 HG01123.hp2 HG01243.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01943.hp2 HG01993.hp1 HG02055.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG06807.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp2 NA18943.hp1 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18948.hp2 NA18950.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp2 NA18960.hp1 NA18962.hp2 NA18966.hp2 NA18969.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18979.hp2 NA18983.hp1 NA18985.hp1 NA18988.hp2 NA18989.hp2 NA18990.hp2 NA18992.hp1 NA18998.hp2 NA19000.hp1 NA19001.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp1 NA19057.hp1 NA19059.hp1 NA19064.hp1 NA19067.hp2 NA19078.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp1 NA19083.hp2 NA19084.hp1 NA19240.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 others(51): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0040 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0048 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0067 a0001c0001t0068 a0001c0001t0069 a0001c0001t0070 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073 a0001c0001t0074 a0001c0001t0075 a0001c0001t0076 a0001c0001t0077 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0081 a0001c0001t0082 a0001c0001t0094 a0001c0001t0105 a0001c0001t0111 a0001c0001t0116 a0001c0001t0121 a0001c0001t0128 a0001c0001t0129 a0001c0001t0130 a0001c0001t0131 a0001c0001t0132 a0001c0001t0134 a0001c0001t0136	a0001c0001t0003g0085 a0001c0001t0008g0005 a0001c0001t0008g0008 others(81): Show a0001c0001t0003g0085 a0001c0001t0008g0005 a0001c0001t0008g0008 a0001c0001t0008g0030 a0001c0001t0008g0040 a0001c0001t0008g0043 a0001c0001t0008g0044 a0001c0001t0008g0045 a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0008 a0001c0001t0010g0038 a0001c0001t0012g0006 a0001c0001t0013g0005 a0001c0001t0013g0008 a0001c0001t0013g0031 a0001c0001t0013g0041 a0001c0001t0013g0042 a0001c0001t0015g0005 a0001c0001t0015g0008 a0001c0001t0016g0005 a0001c0001t0016g0031 a0001c0001t0016g0047 a0001c0001t0016g0079 a0001c0001t0017g0082 a0001c0001t0020g0007 a0001c0001t0022g0014 a0001c0001t0022g0017 a0001c0001t0022g0027 a0001c0001t0022g0086 a0001c0001t0023g0006 a0001c0001t0026g0005 a0001c0001t0026g0030 a0001c0001t0026g0080 a0001c0001t0027g0007 a0001c0001t0027g0017 a0001c0001t0027g0089 a0001c0001t0028g0007 a0001c0001t0028g0091 a0001c0001t0029g0007 a0001c0001t0031g0021 a0001c0001t0031g0090 a0001c0001t0033g0014 a0001c0001t0033g0027 a0001c0001t0033g0087 a0001c0001t0036g0006 a0001c0001t0038g0008 a0001c0001t0039g0008 a0001c0001t0040g0008 a0001c0001t0041g0007 a0001c0001t0042g0007 a0001c0001t0048g0017 a0001c0001t0048g0084 a0001c0001t0049g0014 a0001c0001t0049g0017 a0001c0001t0050g0014 a0001c0001t0051g0006 a0001c0001t0051g0083 a0001c0001t0067g0005 a0001c0001t0068g0005 a0001c0001t0069g0039 a0001c0001t0070g0008 a0001c0001t0072g0007 a0001c0001t0073g0007 a0001c0001t0074g0005 a0001c0001t0075g0007 a0001c0001t0076g0081 a0001c0001t0077g0007 a0001c0001t0078g0046 a0001c0001t0079g0021 a0001c0001t0080g0021 a0001c0001t0081g0068 a0001c0001t0082g0007 a0001c0001t0094g0027 a0001c0001t0105g0088 a0001c0001t0111g0017 a0001c0001t0116g0099 a0001c0001t0121g0014 a0001c0001t0128g0006 a0001c0001t0129g0006 a0001c0001t0130g0006 a0001c0001t0131g0006 a0001c0001t0132g0006 a0001c0001t0134g0006 a0001c0001t0136g0007	129	436	0.2959	-3	c.87- others(16): Show c.87-271_87-269delCTC		BTBD19	ENSG00000222009.9	transcript	ENST00000450269.6	protein_coding	1/7					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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