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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNA2D1_chr7_81941444_82448777	82130791	CTTT CTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG02257.hp1 HG03098.hp2 others(2): Show HG00639.hp2 HG02257.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 others(1): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012	a0001c0001t0006g0138 a0001c0001t0007g0060 a0001c0001t0007g0084 others(2): Show a0001c0001t0006g0138 a0001c0001t0007g0060 a0001c0001t0007g0084 a0001c0001t0011g0066 a0001c0001t0012g0102	5	144	0.0347	-3	c.396 others(20): Show c.396+5841_396+5843delAAA	CACNA2D1	ENSG00000153956.17	transcript	ENST00000356860.8	protein_coding	5/38		chr7	TogoVar
CACNA2D1_chr7_81941444_82448777	82138195	TACC TACC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01192.hp1 HG01258.hp2 others(2): Show HG00642.hp1 HG01192.hp1 HG01258.hp2 HG02572.hp1 HG03834.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(2): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0002t0002 a0001c0007t0003	a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0005g0110 others(2): Show a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0005g0110 a0001c0002t0002g0108 a0001c0007t0003g0075	5	144	0.0347	-3	c.355 others(20): Show c.355-1522_355-1520delGGT	CACNA2D1	ENSG00000153956.17	transcript	ENST00000356860.8	protein_coding	4/38		chr7	TogoVar
CACNA2D1_chr7_81941444_82448777	82138449	GTTT GTTT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp2 others(13): Show HG00642.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01884.hp1 HG02257.hp2 HG02559.hp2 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG03453.hp1 NA18906.hp1 NA18952.hp2 NA18968.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0018 a0001c0003t0001 a0001c0003t0002 a0001c0008t0001	a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0003g0005 others(13): Show a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0004g0031 a0001c0001t0005g0101 a0001c0001t0005g0139 a0001c0001t0008g0043 a0001c0001t0008g0073 a0001c0001t0012g0127 a0001c0001t0018g0135 a0001c0003t0001g0011 a0001c0003t0001g0025 a0001c0003t0001g0061 a0001c0003t0001g0072 a0001c0003t0002g0137 a0001c0008t0001g0004	16	144	0.1111	-3	c.355 others(20): Show c.355-1776_355-1774delAAA	CACNA2D1	ENSG00000153956.17	transcript	ENST00000356860.8	protein_coding	4/38		chr7	TogoVar
CACNA2D1_chr7_81941444_82448777	82139945	CTAT CTAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp2 others(25): Show HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01261.hp1 HG01975.hp2 HG02148.hp1 HG02559.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02738.hp2 HG03239.hp1 HG03579.hp1 HG03834.hp2 HG04115.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18960.hp1 NA18986.hp1 NA18995.hp2 NA19002.hp1 NA19057.hp1 NA19070.hp1 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0015 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0010 a0001c0004t0003	a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0070 others(25): Show a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0051 a0001c0001t0003g0052 a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0056 a0001c0001t0004g0071 a0001c0001t0005g0096 a0001c0001t0005g0105 a0001c0001t0005g0106 a0001c0001t0005g0109 a0001c0001t0006g0093 a0001c0001t0006g0118 a0001c0001t0006g0142 a0001c0001t0007g0015 a0001c0001t0015g0006 a0001c0002t0001g0040 a0001c0002t0001g0045 a0001c0002t0002g0122 a0001c0002t0002g0128 a0001c0002t0002g0130 a0001c0002t0002g0131 a0001c0002t0010g0090 a0001c0004t0003g0082	28	144	0.1944	-3	c.355 others(20): Show c.355-3272_355-3270delATA	CACNA2D1	ENSG00000153956.17	transcript	ENST00000356860.8	protein_coding	4/38		chr7	TogoVar
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