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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNB2_chr10_18135424_18548557	18139241	CAAA CAAA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00609.hp2 others(20): Show HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00609.hp2 HG01069.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01978.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02965.hp2 NA18941.hp1 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18985.hp1 NA18989.hp1 NA18994.hp2 NA19002.hp2 NA19030.hp2 NA19070.hp2 NA19082.hp1 NA19084.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0054 others(6): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0054 a0001c0001t0055 a0001c0002t0017 a0001c0002t0057 a0001c0002t0058 a0001c0002t0060 a0002c0003t0056	a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0152 others(20): Show a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0152 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0004g0157 a0001c0001t0004g0158 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0004g0163 a0001c0001t0004g0165 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0009g0052 a0001c0001t0009g0160 a0001c0001t0009g0177 a0001c0001t0054g0162 a0001c0001t0055g0170 a0001c0002t0017g0148 a0001c0002t0017g0154 a0001c0002t0017g0164 a0001c0002t0057g0151 a0001c0002t0058g0159 a0001c0002t0060g0155 a0002c0003t0056g0053	23	200	0.1150	-3	c.-14 others(14): Show c.-1495_-1493delAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding		1182		chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18148884	TTGG TTGG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01891.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01891.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0003g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0003g0030	3	200	0.0150	-3	c.121 others(20): Show c.121-1998_121-1996delTGG	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	1/13			chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18177463	TGCA TGCA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG02970.hp2 HG03225.hp1 others(1): Show HG02280.hp1 HG02970.hp2 HG03225.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0002t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0002t0002	a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0006g0174 others(1): Show a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0006g0174 a0001c0002t0002g0179	4	200	0.0200	-3	c.213 others(22): Show c.213+26489_213+26491delGCA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13			chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18199989	ATTG ATTG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02630.hp2 others(5): Show HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02630.hp2 HG02895.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG06807.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0035 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0035 a0001c0002t0002 a0001c0002t0015 a0001c0002t0034	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0006g0005 others(5): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0006g0005 a0001c0001t0035g0086 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0015g0018 a0001c0002t0015g0019 a0001c0002t0034g0068	8	200	0.0400	-3	c.213 others(22): Show c.213+49019_213+49021delTGT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18225520	CTCT CTCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp1 HG01192.hp1 HG02055.hp2 others(15): Show HG01071.hp1 HG01192.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02965.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03471.hp2 NA19030.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0021 a0001c0001t0040 a0001c0002t0002 a0001c0002t0034 a0001c0004t0010 a0002c0003t0013 a0002c0003t0052	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0003g0026 others(15): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0004g0167 a0001c0001t0006g0023 a0001c0001t0006g0028 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0021g0060 a0001c0001t0021g0077 a0001c0001t0040g0021 a0001c0002t0002g0147 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0034g0068 a0001c0004t0010g0084 a0001c0004t0010g0085 a0002c0003t0013g0022 a0002c0003t0013g0175 a0002c0003t0052g0024	18	200	0.0900	-3	c.213 others(22): Show c.213+74547_213+74549delCTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18235142	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG00741.hp2 HG01167.hp1 others(11): Show HG00642.hp1 HG00741.hp2 HG01167.hp1 HG01884.hp1 HG02040.hp1 HG02145.hp2 HG02486.hp2 HG02717.hp2 HG02818.hp1 HG02965.hp2 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18989.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 others(7): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0039 a0001c0001t0051 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0017 a0001c0002t0058	a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0003g0199 others(11): Show a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0003g0199 a0001c0001t0004g0152 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0012g0198 a0001c0001t0016g0089 a0001c0001t0039g0062 a0001c0001t0051g0107 a0001c0002t0002g0061 a0001c0002t0002g0091 a0001c0002t0005g0057 a0001c0002t0017g0148 a0001c0002t0058g0159	14	200	0.0700	-3	c.213 others(22): Show c.213+84182_213+84184delAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18259730	CAGA CAGA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01169.hp2 HG02083.hp2 HG02896.hp1 others(3): Show HG01169.hp2 HG02083.hp2 HG02896.hp1 HG02965.hp1 HG06807.hp1 NA18984.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 a0001c0002t0015 a0002c0003t0052	a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0095 others(3): Show a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0095 a0001c0002t0002g0042 a0001c0002t0015g0019 a0002c0003t0052g0024	6	200	0.0300	-3	c.213 others(24): Show c.213+108757_213+108759delGAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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