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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNB4_chr2_151827771_152104044	151874478	AAAG AAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01257.hp2 HG02683.hp1 others(3): Show HG00735.hp2 HG01257.hp2 HG02683.hp1 HG02738.hp1 HG03669.hp1 HG04115.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0007 a0001c0003t0008 a0001c0003t0007 a0001c0003t0008	a0001c0003t0007g0098 a0001c0003t0008g0099 a0001c0003t0008g0100 others(3): Show a0001c0003t0007g0098 a0001c0003t0008g0099 a0001c0003t0008g0100 a0001c0003t0008g0101 a0001c0003t0008g0151 a0001c0003t0008g0171	6	230	0.0261	-3	c.521 others(20): Show c.521+1945_521+1947delCTT	CACNB4	ENSG00000182389.20	transcript	ENST00000539935.7	protein_coding	5/13			chr2	TogoVar
CACNB4_chr2_151827771_152104044	151884634	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00558.hp1 others(48): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp2 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02083.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02630.hp2 HG02698.hp2 HG02922.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp2 HG04204.hp1 NA18939.hp1 NA18942.hp2 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18960.hp2 NA18964.hp1 NA18971.hp2 NA18981.hp1 NA18982.hp2 NA18985.hp1 NA18985.hp2 NA18990.hp2 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19004.hp2 NA19009.hp2 NA19010.hp1 NA19055.hp1 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19067.hp1 NA19081.hp2 NA19086.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0014 a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0038 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0028 a0001c0002t0040 a0002c0004t0035	a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0161 others(48): Show a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0004g0049 a0001c0001t0004g0095 a0001c0001t0004g0107 a0001c0001t0004g0125 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0192 a0001c0001t0004g0211 a0001c0001t0006g0072 a0001c0001t0006g0085 a0001c0001t0006g0216 a0001c0001t0007g0006 a0001c0001t0014g0094 a0001c0001t0018g0046 a0001c0001t0018g0220 a0001c0001t0024g0227 a0001c0001t0029g0208 a0001c0001t0030g0074 a0001c0001t0032g0102 a0001c0001t0033g0135 a0001c0001t0038g0143 a0001c0002t0002g0002 a0001c0002t0002g0040 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0174 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0002g0185 a0001c0002t0002g0187 a0001c0002t0002g0188 a0001c0002t0003g0055 a0001c0002t0003g0093 a0001c0002t0003g0096 a0001c0002t0003g0124 a0001c0002t0003g0127 a0001c0002t0003g0152 a0001c0002t0003g0155 a0001c0002t0003g0159 a0001c0002t0003g0160 a0001c0002t0003g0178 a0001c0002t0003g0183 a0001c0002t0003g0186 a0001c0002t0028g0003 a0001c0002t0040g0166 a0002c0004t0035g0084	51	230	0.2217	-3	c.148 others(20): Show c.148-1267_148-1265delTTT	CACNB4	ENSG00000182389.20	transcript	ENST00000539935.7	protein_coding	2/13			chr2	TogoVar
CACNB4_chr2_151827771_152104044	151910993	TCTC TCTC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18945.hp1 NA19081.hp2 NA18945.hp1 NA19081.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0107 a0001c0001t0004g0192 a0001c0001t0004g0107 a0001c0001t0004g0192	2	230	0.0087	-3	c.148 others(22): Show c.148-27626_148-27624delGAG	CACNB4	ENSG00000182389.20	transcript	ENST00000539935.7	protein_coding	2/13			chr2	TogoVar
CACNB4_chr2_151827771_152104044	151920300	TTTC TTTC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02896.hp2 HG06807.hp1 NA21309.hp1 HG02896.hp2 HG06807.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0008 a0001c0003t0019 a0001c0003t0008 a0001c0003t0019	a0001c0003t0008g0089 a0001c0003t0008g0219 a0001c0003t0019g0087 a0001c0003t0008g0089 a0001c0003t0008g0219 a0001c0003t0019g0087	3	230	0.0130	-3	c.148 others(22): Show c.148-36933_148-36931delGAA	CACNB4	ENSG00000182389.20	transcript	ENST00000539935.7	protein_coding	2/13			chr2	TogoVar
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