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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CADM2_chr3_84953989_86079429	85364865	CCTA CCTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02572.hp2 NA19043.hp1 HG02572.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038	a0001c0001t0037g0054 a0001c0001t0038g0142 a0001c0001t0037g0054 a0001c0001t0038g0142	2	146	0.0137	-3	c.62- others(22): Show c.62-361655_62-361653delTAC	CADM2	ENSG00000175161.14	transcript	ENST00000383699.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CADM2_chr3_84953989_86079429	85364867	TACA TACA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 others(26): Show HG00423.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01361.hp2 HG02015.hp1 HG02258.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02922.hp2 HG03130.hp2 HG03492.hp2 HG03834.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 NA18950.hp1 NA18952.hp1 NA18977.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18989.hp2 NA18995.hp2 NA19003.hp1 NA19009.hp1 NA19043.hp2 NA19060.hp1 NA19064.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0029 a0001c0001t0043 a0001c0001t0047 a0001c0003t0024	a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0047 others(26): Show a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0092 a0001c0001t0004g0064 a0001c0001t0009g0008 a0001c0001t0009g0037 a0001c0001t0009g0066 a0001c0001t0010g0146 a0001c0001t0012g0086 a0001c0001t0013g0009 a0001c0001t0013g0010 a0001c0001t0013g0011 a0001c0001t0014g0118 a0001c0001t0017g0089 a0001c0001t0017g0135 a0001c0001t0018g0035 a0001c0001t0018g0039 a0001c0001t0029g0145 a0001c0001t0043g0060 a0001c0001t0047g0038 a0001c0003t0024g0004	29	146	0.1986	-3	c.62- others(22): Show c.62-361617_62-361615delCAA	CADM2	ENSG00000175161.14	transcript	ENST00000383699.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CADM2_chr3_84953989_86079429	85370215	AAAT AAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG02258.hp2 HG02486.hp1 others(15): Show HG01074.hp1 HG02258.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03195.hp1 HG03239.hp1 HG03927.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18906.hp2 NA19030.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 others(8): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0014 a0001c0001t0021 a0001c0001t0043 a0001c0001t0049 a0001c0002t0011 a0001c0003t0006 a0001c0003t0026 a0001c0003t0042	a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0002g0078 a0001c0001t0002g0102 others(15): Show a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0002g0078 a0001c0001t0002g0102 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0003g0104 a0001c0001t0008g0013 a0001c0001t0008g0014 a0001c0001t0014g0026 a0001c0001t0021g0126 a0001c0001t0021g0127 a0001c0001t0043g0060 a0001c0001t0049g0033 a0001c0002t0011g0012 a0001c0003t0006g0025 a0001c0003t0006g0027 a0001c0003t0006g0030 a0001c0003t0026g0015 a0001c0003t0042g0109	18	146	0.1233	-3	c.62- others(22): Show c.62-356265_62-356263delTAA	CADM2	ENSG00000175161.14	transcript	ENST00000383699.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CADM2_chr3_84953989_86079429	85395296	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02572.hp2 HG02976.hp2 others(2): Show HG02451.hp2 HG02572.hp2 HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0008 a0001c0001t0038 a0001c0002t0011 others(1): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0038 a0001c0002t0011 a0001c0002t0016	a0001c0001t0008g0141 a0001c0001t0038g0142 a0001c0002t0011g0140 others(2): Show a0001c0001t0008g0141 a0001c0001t0038g0142 a0001c0002t0011g0140 a0001c0002t0011g0143 a0001c0002t0016g0098	5	146	0.0343	-3	c.62- others(22): Show c.62-331208_62-331206delAAA	CADM2	ENSG00000175161.14	transcript	ENST00000383699.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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