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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGPAT3_chr21_43860223_43992592	43959229	TGTG TGTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG00597.hp2 HG00621.hp2 others(40): Show HG00544.hp2 HG00597.hp2 HG00621.hp2 HG02027.hp2 HG02071.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02155.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02486.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02723.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03453.hp2 HG03669.hp1 HG04115.hp1 NA18612.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18966.hp1 NA18974.hp2 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18985.hp1 NA18998.hp1 NA19005.hp2 NA19009.hp1 NA19009.hp2 NA19043.hp1 NA19064.hp1 NA19070.hp2 NA19077.hp2 NA19081.hp1 NA19085.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0045 a0001c0001t0049 a0001c0001t0056 a0001c0001t0081 a0001c0002t0018 a0001c0002t0048 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0214 others(39): Show a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0080 a0001c0001t0003g0119 a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0124 a0001c0001t0003g0125 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0128 a0001c0001t0003g0129 a0001c0001t0003g0130 a0001c0001t0003g0131 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0137 a0001c0001t0003g0139 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0003g0153 a0001c0001t0003g0160 a0001c0001t0003g0161 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0236 a0001c0001t0003g0288 a0001c0001t0003g0306 a0001c0001t0003g0308 a0001c0001t0003g0319 a0001c0001t0007g0122 a0001c0001t0007g0326 a0001c0001t0007g0329 a0001c0001t0045g0104 a0001c0001t0049g0320 a0001c0001t0056g0141 a0001c0001t0081g0136 a0001c0002t0018g0114 a0001c0002t0048g0298 a0001c0004t0002g0138	43	342	0.1257	-3	c.-48 others(18): Show c.-48-401_-48-399delGTG	AGPAT3	ENSG00000160216.21	transcript	ENST00000291572.13	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
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AGPAT3_chr21_43860223_43992592	43974417	TGTG TGTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 others(17): Show HG00323.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02257.hp1 HG02559.hp1 HG02683.hp1 HG02809.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp2 HG03834.hp2 NA18955.hp1 NA18968.hp2 NA19043.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0030 others(8): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0030 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0047 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0003t0011	a0001c0001t0008g0039 a0001c0001t0008g0042 a0001c0001t0008g0043 others(17): Show a0001c0001t0008g0039 a0001c0001t0008g0042 a0001c0001t0008g0043 a0001c0001t0008g0143 a0001c0001t0008g0158 a0001c0001t0008g0159 a0001c0001t0011g0021 a0001c0001t0011g0166 a0001c0001t0011g0204 a0001c0001t0030g0073 a0001c0001t0030g0331 a0001c0001t0036g0094 a0001c0001t0037g0304 a0001c0001t0038g0109 a0001c0001t0039g0102 a0001c0001t0047g0025 a0001c0001t0050g0024 a0001c0001t0051g0207 a0001c0003t0011g0260 a0001c0003t0011g0261	20	342	0.0585	-3	c.767 others(20): Show c.767+2931_767+2933delGTG	AGPAT3	ENSG00000160216.21	transcript	ENST00000291572.13	protein_coding	7/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
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