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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ANAPC1_chr2_111762640_111889193	111823000	CTTT CTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00558.hp2 others(65): Show HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01070.hp2 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01943.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02145.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02300.hp2 HG02602.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG03239.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG04115.hp1 HG06807.hp2 NA18612.hp2 NA18939.hp1 NA18947.hp2 NA18950.hp2 NA18951.hp1 NA18955.hp1 NA18966.hp1 NA18972.hp2 NA18973.hp1 NA18982.hp2 NA18989.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19003.hp2 NA19063.hp2 NA19078.hp1 NA19084.hp1 NA19085.hp2 NA19088.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0007 a0008 a0001 a0007 a0008	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(7): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0007 a0001c0012 a0001c0017 a0007c0020 a0008c0019	a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 a0001c0004t0003 others(12): Show a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 a0001c0004t0003 a0001c0004t0017 a0001c0005t0006 a0001c0005t0009 a0001c0006t0005 a0001c0006t0013 a0001c0006t0016 a0001c0007t0002 a0001c0007t0007 a0001c0012t0002 a0001c0017t0003 a0007c0020t0005 a0008c0019t0003	a0001c0001t0003g0346 a0001c0002t0002g0211 a0001c0002t0002g0222 others(64): Show a0001c0001t0003g0346 a0001c0002t0002g0211 a0001c0002t0002g0222 a0001c0004t0003g0153 a0001c0004t0003g0154 a0001c0004t0003g0155 a0001c0004t0003g0157 a0001c0004t0003g0158 a0001c0004t0003g0159 a0001c0004t0003g0163 a0001c0004t0003g0165 a0001c0004t0003g0166 a0001c0004t0003g0167 a0001c0004t0003g0168 a0001c0004t0003g0169 a0001c0004t0003g0171 a0001c0004t0003g0172 a0001c0004t0003g0173 a0001c0004t0003g0175 a0001c0004t0003g0176 a0001c0004t0003g0179 a0001c0004t0003g0180 a0001c0004t0003g0181 a0001c0004t0003g0183 a0001c0004t0003g0184 a0001c0004t0003g0185 a0001c0004t0003g0186 a0001c0004t0003g0250 a0001c0004t0003g0251 a0001c0004t0017g0161 a0001c0005t0006g0326 a0001c0005t0006g0333 a0001c0005t0009g0126 a0001c0006t0005g0002 a0001c0006t0005g0006 a0001c0006t0005g0007 a0001c0006t0005g0010 a0001c0006t0005g0011 a0001c0006t0005g0012 a0001c0006t0005g0013 a0001c0006t0005g0015 a0001c0006t0005g0017 a0001c0006t0005g0018 a0001c0006t0005g0019 a0001c0006t0005g0020 a0001c0006t0005g0021 a0001c0006t0005g0022 a0001c0006t0005g0023 a0001c0006t0005g0024 a0001c0006t0005g0025 a0001c0006t0005g0026 a0001c0006t0005g0027 a0001c0006t0005g0030 a0001c0006t0005g0031 a0001c0006t0005g0032 a0001c0006t0005g0035 a0001c0006t0013g0016 a0001c0006t0016g0149 a0001c0007t0002g0140 a0001c0007t0002g0141 a0001c0007t0002g0142 a0001c0007t0002g0143 a0001c0007t0007g0254 a0001c0012t0002g0309 a0001c0017t0003g0156 a0007c0020t0005g0009 a0008c0019t0003g0170	68	370	0.1838	-3	c.281 others(20): Show c.2813-403_2813-401delAAA	ANAPC1	ENSG00000153107.13	transcript	ENST00000341068.8	protein_coding	24/47			chr2	TogoVar
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ANAPC1_chr2_111762640_111889193	111846559	ATTT ATTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG02615.hp1 HG02895.hp2 others(3): Show HG01167.hp2 HG02615.hp1 HG02895.hp2 HG02970.hp2 HG03831.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0014 a0001c0007t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0014 a0001c0007t0007	a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0108 others(3): Show a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0014g0307 a0001c0007t0007g0257 a0001c0007t0007g0260	6	370	0.0162	-3	c.185 others(20): Show c.1852+576_1852+578delAAA	ANAPC1	ENSG00000153107.13	transcript	ENST00000341068.8	protein_coding	16/47			chr2	TogoVar
ANAPC1_chr2_111762640_111889193	111863511	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(135): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp2 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