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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AOPEP_chr9_94721699_95092159	95011211	ATTT ATTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02027.hp1 HG02818.hp2 HG02970.hp2 others(5): Show HG02027.hp1 HG02818.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03654.hp2 HG03834.hp2 HG04204.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0003 a0006 a0001 a0003 a0006	a0001c0001 a0001c0014 a0003c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0014 a0003c0003 a0006c0007	a0001c0001t0001 a0001c0014t0001 a0003c0003t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0014t0001 a0003c0003t0001 a0006c0007t0001	a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0118 a0001c0014t0001g0011 others(5): Show a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0118 a0001c0014t0001g0011 a0003c0003t0001g0174 a0006c0007t0001g0099 a0006c0007t0001g0100 a0006c0007t0001g0101 a0006c0007t0001g0102	8	182	0.0440	-3	c.211 others(22): Show c.2115+5616_2115+5618delTTT	AOPEP	ENSG00000148120.19	transcript	ENST00000375315.8	protein_coding	13/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr9	TogoVar
AOPEP_chr9_94721699_95092159	95035507	ATTT ATTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 others(97): Show HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00741.hp1 HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02071.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp1 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04204.hp1 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18948.hp2 NA18951.hp1 NA18956.hp2 NA18959.hp2 NA18966.hp1 NA18969.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18977.hp1 NA18977.hp2 NA18989.hp2 NA18991.hp1 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA18999.hp2 NA19003.hp1 NA19003.hp2 NA19010.hp2 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19082.hp2 NA19085.hp2 NA19088.hp1 NA19088.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0004 others(3): Show a0001 a0002 a0004 a0005 a0007 a0011	a0001c0001 a0001c0015 a0002c0002 others(5): Show a0001c0001 a0001c0015 a0002c0002 a0002c0008 a0004c0004 a0005c0005 a0007c0006 a0011c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0015t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0005 a0002c0008t0003 a0004c0004t0001 a0004c0004t0002 a0005c0005t0001 a0007c0006t0003 a0011c0012t0002	a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 others(97): Show a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0020 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0025 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0037 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0043 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0083 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0091 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0103 a0001c0001t0002g0105 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0061 a0001c0001t0004g0027 a0001c0015t0001g0094 a0002c0002t0002g0124 a0002c0002t0002g0125 a0002c0002t0002g0126 a0002c0002t0002g0129 a0002c0002t0002g0131 a0002c0002t0002g0132 a0002c0002t0002g0133 a0002c0002t0005g0130 a0002c0008t0003g0136 a0004c0004t0001g0153 a0004c0004t0002g0155 a0004c0004t0002g0158 a0004c0004t0002g0164 a0005c0005t0001g0113 a0005c0005t0001g0114 a0005c0005t0001g0116 a0005c0005t0001g0117 a0005c0005t0001g0119 a0007c0006t0003g0104 a0007c0006t0003g0106 a0007c0006t0003g0109 a0011c0012t0002g0059	100	182	0.5495	-3	c.211 others(24): Show c.2116-25161_2116-25159delTTT	AOPEP	ENSG00000148120.19	transcript	ENST00000375315.8	protein_coding	13/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr9	TogoVar
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