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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABI1_chr10_26741596_26865958	26818158	CAAA CAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01891.hp1 HG02145.hp1 others(5): Show HG01243.hp1 HG01891.hp1 HG02145.hp1 HG02451.hp2 HG02717.hp2 HG02897.hp1 HG03540.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0232 others(5): Show a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0002g0247	8	358	0.0224	-3	c.285 others(20): Show c.285+4977_285+4979delTTT		ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	2/10						chr10	TogoVar
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