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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ANKRD36_chr2_97108153_97269521	97264740	CTTTT CTTTT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG02451.hp1 HG02809.hp1 others(5): Show HG00597.hp2 HG02451.hp1 HG02809.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp2	a0002 a0008 a0009 others(1): Show a0002 a0008 a0009 a0021	a0002c0002 a0008c0006 a0009c0009 others(1): Show a0002c0002 a0008c0006 a0009c0009 a0021c0021	a0002c0002t0001 a0008c0006t0003 a0009c0009t0002 others(1): Show a0002c0002t0001 a0008c0006t0003 a0009c0009t0002 a0021c0021t0002	a0002c0002t0001g0053 a0002c0002t0001g0061 a0008c0006t0003g0184 others(5): Show a0002c0002t0001g0053 a0002c0002t0001g0061 a0008c0006t0003g0184 a0009c0009t0002g0175 a0009c0009t0002g0177 a0009c0009t0002g0179 a0009c0009t0002g0182 a0021c0021t0002g0012	8	212	0.0377	-4	c.41 others(13): Show c.419_*422delTTTT	ANKRD36	ENSG00000135976.21	transcript	ENST00000420699.9	protein_coding		220		chr2	TogoVar
ANKRD37_chr4_185391841_185405241	185395557	TTAAA TTAAA	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01106.hp1 HG02165.hp2 others(8): Show HG00639.hp1 HG01106.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG03130.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp2 HG03654.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0011 a0001c0001 a0005c0011	a0001c0001t0001 a0005c0011t0001 a0001c0001t0001 a0005c0011t0001	a0001c0001t0001g0001 a0005c0011t0001g0001 a0001c0001t0001g0001 a0005c0011t0001g0001	11	318	0.0346	-4	c.-13 others(15): Show c.-1366_-1363delTAAA	ANKRD37	ENSG00000186352.9	transcript	ENST00000335174.6	protein_coding		1283		chr4	TogoVar
ANKRD39_chr2_96842990_96863016	96849121	TTTTA TTTTA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02809.hp2 HG02895.hp2 NA18906.hp1 HG02809.hp2 HG02895.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0018	3	314	0.0096	-4	c.409 others(19): Show c.409-681_409-678delTAAA	ANKRD39	ENSG00000213337.9	transcript	ENST00000393537.5	protein_coding	3/3			chr2	TogoVar
ANKRD40CL_chr17_50756030_50772518	50756692	CAAAA CAAAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00733.hp2 HG01255.hp2 others(15): Show HG00099.hp1 HG00733.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02602.hp2 HG02683.hp1 HG02735.hp2 HG03130.hp1 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG04228.hp1 NA18941.hp2 NA19058.hp1 NA19083.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 others(3): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0002g0002	18	456	0.0395	-4	c.46 others(15): Show c.4667_*4670delTTTT	ANKRD40CL	ENSG00000167117.10	transcript	ENST00000450727.6	protein_coding		4337		chr17	TogoVar
ANKRD40CL_chr17_50756030_50772518	50758545	CTTTT CTTTT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG02896.hp1 others(5): Show HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG02896.hp1 HG03834.hp2 NA18968.hp2 NA18980.hp1 NA18987.hp1 NA19057.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0004g0003 others(2): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0006g0010 a0001c0001t0010g0056	8	456	0.0175	-4	c.28 others(15): Show c.2814_*2817delAAAA	ANKRD40CL	ENSG00000167117.10	transcript	ENST00000450727.6	protein_coding		2484		chr17	TogoVar
ANKRD40_chr17_50688198_50712914	50692254	CAAAG CAAAG	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00438.hp2 HG00642.hp2 others(112): Show HG00323.hp2 HG00438.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01081.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02738.hp1 HG02922.hp2 HG03453.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18906.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18943.hp1 NA18943.hp2 NA18946.hp2 NA18948.hp1 NA18949.hp2 NA18951.hp2 NA18952.hp2 NA18954.hp1 NA18955.hp2 NA18960.hp1 NA18963.hp2 NA18968.hp1 NA18970.hp2 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp1 NA18988.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18994.hp2 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19011.hp2 NA19054.hp2 NA19060.hp1 NA19064.hp1 NA19065.hp2 NA19066.hp1 NA19068.hp1 NA19076.hp1 NA19076.hp2 NA19077.hp1 NA19080.hp2 NA19084.hp1 NA19089.hp1 NA19091.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0004 a0006 a0001 a0004 a0006	a0001c0001 a0004c0005 a0006c0006 a0001c0001 a0004c0005 a0006c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0035 a0001c0001t0038 a0001c0001t0046 a0004c0005t0006 a0004c0005t0032 a0006c0006t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0008 others(52): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0006g0085 a0001c0001t0006g0116 a0001c0001t0006g0118 a0001c0001t0006g0119 a0001c0001t0009g0012 a0001c0001t0009g0080 a0001c0001t0009g0084 a0001c0001t0009g0135 a0001c0001t0009g0154 a0001c0001t0009g0157 a0001c0001t0012g0028 a0001c0001t0012g0122 a0001c0001t0012g0155 a0001c0001t0012g0158 a0001c0001t0035g0115 a0001c0001t0038g0117 a0001c0001t0046g0233 a0004c0005t0006g0192 a0004c0005t0032g0193 a0006c0006t0001g0156	115	390	0.2949	-4	c.37 others(15): Show c.3739_*3742delCTTT	ANKRD40	ENSG00000154945.7	transcript	ENST00000285243.7	protein_coding		943		chr17	TogoVar
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