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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AP1G2_chr14_23554567_23572791	23560778	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 others(13): Show HG01109.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0002t0001g0006 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0002t0001g0006	16	396	0.0404	-4	c.199 others(21): Show c.1994-364_1994-361delTTTT	AP1G2	ENSG00000213983.12	transcript	ENST00000397120.8	protein_coding	19/21			chr14	TogoVar
AP1G2_chr14_23554567_23572791	23562756	AAGAG AAGAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00558.hp1 others(71): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01123.hp1 HG01255.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01934.hp1 HG01981.hp1 HG02080.hp2 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp1 HG02602.hp1 HG02886.hp1 HG03491.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp1 HG04204.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp1 NA18943.hp1 NA18946.hp1 NA18948.hp1 NA18949.hp2 NA18951.hp1 NA18956.hp2 NA18959.hp1 NA18962.hp2 NA18963.hp2 NA18964.hp2 NA18965.hp2 NA18967.hp2 NA18968.hp1 NA18971.hp1 NA18972.hp2 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp1 NA18985.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp2 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19001.hp2 NA19003.hp1 NA19004.hp1 NA19007.hp1 NA19011.hp1 NA19060.hp2 NA19064.hp2 NA19068.hp1 NA19080.hp1 NA19087.hp2 NA19089.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0038 others(10): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0099	74	396	0.1869	-4	c.141 others(21): Show c.1411-167_1411-164delCTCT	AP1G2	ENSG00000213983.12	transcript	ENST00000397120.8	protein_coding	14/21			chr14	TogoVar
AP1M1_chr19_16192911_16250906	16240270	GTGTA GTGTA	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02145.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02145.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0118 a0001c0001t0120 a0001c0001t0153 a0001c0001t0118 a0001c0001t0120 a0001c0001t0153	a0001c0001t0118g0282 a0001c0001t0120g0270 a0001c0001t0153g0033 a0001c0001t0118g0282 a0001c0001t0120g0270 a0001c0001t0153g0033	3	308	0.0097	-4	c.58 others(15): Show c.5839_*5842delATGT	AP1M1	ENSG00000072958.9	transcript	ENST00000291439.8	protein_coding	12/12	5839	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
AP1M1_chr19_16192911_16250906	16250288	GTGTA GTGTA	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02723.hp2 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG02723.hp2 HG03453.hp2 HG03486.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0126 a0001c0001t0127 a0001c0001t0150 a0001c0001t0126 a0001c0001t0127 a0001c0001t0150	a0001c0001t0126g0014 a0001c0001t0127g0012 a0001c0001t0150g0015 a0001c0001t0126g0014 a0001c0001t0127g0012 a0001c0001t0150g0015	3	308	0.0097	-4	c.15 others(17): Show c.15854_*15857delTGTA	AP1M1	ENSG00000072958.9	transcript	ENST00000291439.8	protein_coding		4383		chr19	TogoVar
AP1M2_chr19_10567671_10592312	10570547	CAAAA CAAAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp2 others(11): Show HG00323.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01168.hp2 HG01255.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG02572.hp1 HG02970.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0327 others(10): Show a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0327 a0001c0001t0001g0328 a0001c0001t0001g0330 a0001c0001t0001g0331 a0001c0001t0001g0332 a0001c0001t0001g0333 a0001c0001t0001g0334 a0001c0001t0001g0335 a0001c0001t0001g0336 a0001c0001t0001g0337 a0001c0001t0001g0338	14	394	0.0355	-4	c.25 others(15): Show c.2515_*2518delTTTT	AP1M2	ENSG00000129354.12	transcript	ENST00000250244.11	protein_coding		2123		chr19	TogoVar
AP1M2_chr19_10567671_10592312	10577423	CTTTT CTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01346.hp2 HG02055.hp1 others(16): Show HG00741.hp2 HG01346.hp2 HG02055.hp1 HG03209.hp2 HG03942.hp2 NA18939.hp1 NA18950.hp2 NA18956.hp1 NA18966.hp2 NA18974.hp1 NA18975.hp1 NA18981.hp2 NA18994.hp1 NA18997.hp1 NA19000.hp1 NA19005.hp2 NA19060.hp2 NA19079.hp2 NA19082.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 others(2): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0008 a0001c0002t0012	a0001c0002t0001g0117 a0001c0002t0002g0082 a0001c0002t0002g0104 others(15): Show a0001c0002t0001g0117 a0001c0002t0002g0082 a0001c0002t0002g0104 a0001c0002t0002g0106 a0001c0002t0002g0112 a0001c0002t0002g0132 a0001c0002t0002g0154 a0001c0002t0002g0157 a0001c0002t0002g0167 a0001c0002t0002g0177 a0001c0002t0002g0186 a0001c0002t0002g0264 a0001c0002t0002g0274 a0001c0002t0003g0021 a0001c0002t0003g0180 a0001c0002t0003g0263 a0001c0002t0008g0043 a0001c0002t0012g0341	19	394	0.0482	-4	c.889 others(17): Show c.889-71_889-68delAAAA	AP1M2	ENSG00000129354.12	transcript	ENST00000250244.11	protein_coding	8/11			chr19	TogoVar
AP1M2_chr19_10567671_10592312	10578489	AAACG AAACG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp1 others(171): Show HG00099.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01928.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03239.hp2 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